Как правильно рассчитать отпускные?

Эти 3 месяца из расчета выбрасываются. Значит берете зарплату не за 12 месяцев, а за 9 месяцев. Делите на 9 и делите на 29.4 получаете среднедневной заработок. Затем умножаете на количество дней отпуска.
Обратите внимание, что для определения дней отпуска, время которое работник был в административном отпуске свыше 14 календарных дней не засчитывается .
Статья 121. Исчисление стажа работы, дающего право на ежегодные оплачиваемые отпуска
В стаж работы, дающий право на ежегодный основной оплачиваемый отпуск, включаются:
время предоставляемых по просьбе работника отпусков без сохранения заработной платы, не превышающее 14 календарных дней в течение рабочего года.

исключаете это время из расчетного периода... остальные начисления складываете делите на кол-во месяцев делите на 29.4 и умножаете на кол-во дней отпуска

Для расчета отпуска и прочих начислений по среднему используют Постановление №922.

Цитировать его не буду, лучше покажу на примере. Если работник пошел в отпуск в ноябре, то расчетным периодом для расчета отпуска будут 12 предшествующих месяцев. То есть ноябрь 2009 – октябрь 2010. Если по какой-либо причине человек на работу не ходил, то это время из расчета исключается. И суммы, начисленные по среднему за это время, естественно тоже (больничные, отпуска, командировки и т. д.) . Если он был в административном отпуске с 15 февраля по 12 мая, то отпуск считаем так:

1. Складываем его ежемесячный заработок за расчетный период. (12 месяцев) .
2. Определяем кол-во календарных дней в неполных месяцах по формуле:
среднемесячное число календарных дней (29,4) делим на количество календарных дней этого месяца и умножаем на количество календарных дней, приходящихся на время, отработанное в данном месяце.
То есть для февраля получим: 29,4/28(дней в месяце) *14(кол-во дней с 1-го по 14-е) = 14,7
Для мая: 29,4/31*19(кол-во дней с 13-го по 31-е) = 18.
3 . Определяем среднегодовое кол-во календарных дней по формуле:
среднемесячное числа календарных дней (29,4) * на количество полных календарных месяцев + количество календарных дней в неполных календарных месяцах.
То есть 29,4*8(кол-во полностью отработанных месяцев) + 14,7+18 = 267,9
4. Считаем среднедневной заработок путем деления заработной платы за расчетный период (из п. 1) на среднегодовое кол-во дней из (п. 3.)
5. умножаем среднедневной заработок (п. 4) на кол-во дней отпуска и… вуаля! получаем сумму отпускных