Предпр купило у поставщ товар с выдел НДС. При выезд. провер отказ в зачете по НДС и затратам тк постав сдают нулев де

Разрулить эту ситуацию можно только в судебном порядке. Это реально. Для этого обратитесь к арбитражной практике по аналогичным вопросам. Посмотрите для начала хотя бы Постановление ВАС РФ от 20 апреля 2010 г. № 18162/09 или Определение ВАС от 20 ноября 2009г. № ВАС-15357/09. А договариваться с налоговой - еще дороже выйдет, чем просто заплатить НДС и НПрибыль. Решайте для себя сами.
Вспомните Пушкина - "Он уважать себя заставил - и лучше выдумать не смог".

Договариваться с налоговой. иного-не дано.

Если имела места РЕАЛЬНАЯ сделка, то необходимо предоставить доказательства. И прежде чем подавать в суд необходимо пройти некоторые досудебные процедуры:
1. По акту проверки составить возражения
2. Если данные возражения не приняты налоговой, то аппеляционную жалобу в вышестоящую налоговую
3. Если и там отказали, то суд!
Да, и не забудьте про сроки подачи данных возражений.
Удачи!

Ну во-первых, если Вы этот товар официально оплатили - это одно из доказательств, что товар Вы купили. Можете подписать акт сверки с поставщиками, при условии, что оплаты еще не было (уговорить, заставить их) и доказаь налоговой, что факт покупки имел место и то, что они сдают нулевки - это их проблемы. У вас должны быть приходные ордера на товар, документы на перевозку этого товара. Если это не поможет - то только через суд. Удачи Вам.