Как отчитаться перед налоговой юр.лицу?

Расписка не является документом, подтверждающим факт оплаты юр. лица. Вы будете платить физ. лицу через кассу организации по расходному кассовому ордеру. Снимаете, как Вы написали, денежные средства с расчетного счета, проводите приход на эту сумму по кассе (ПКО) , и выдаете физическому лицу за аренду помещений за минусом НДФЛ 13% от суммы арендной платы, но при этом, выплата физ. лицу должна производится только после перечисления исчисленного НДФЛ в бюджет. За каждый год, не позднее 30 марта, Вы должны будете подать сведения в ИФНС по форме НДФЛ 2, т. к. являетесь источником получения доходов физ. лица, а следовательно-налоговым агентом по НДФЛ.

Выплачивайте не по "расписке", а по расходному кассовому ордеру. Там в основании указывается договор аренды, там все паспортные данные и подпись. Значит деньги ему выданы. А вот в затраты можно взять, только если это нежилое помещение (для уменьшения базы) . А если квартира под офис, то это не уменьшает базу.

Физическому лицу предложите зарегестрироваться как ИП.
А если он не согласится, то предупредите, что вы являетесь налоговыми агентами по НДФЛ и обязаны выдавать ему аренду за минусом 13%.

А у него случайно карточки нет? Или счета?
Мы тоже арендовали здание у физ. лица. Так вот каждый месяц мы перечисляли ему на карту деньги и подоходный налог (13%) за него. Другими словами: если за 100000р. арендуем, то 87000р. - физ. лицу и 13000 - подоходный