ООО оплатило лицензионное ПО за физ. лицо. Как теперь ООО отчитается перед налоговой за эту сделку?

Исходных данных маловато. В каких отношениях организация это физ. лицо? Если. предположим ни в каких (ни сотрудник, ни учредитель), то при оплате за третье лицо в платежке так и указывается, после этого возникает задолженность у физ. лица перед ООО. Каким образом она будет гасится тоже неясно из вопроса. Допустим вносит в кассу ООО или оплата картой, то ООО обязано применить ККМ. Налоговая такие сделки не контролирует. Здесь вопрос только по НДФЛ возникает. Как он будет удержан.

никак не отчитаться. Оплата была за физ. лицо.

Увы никак. Тут надо было выдавать эту сумму под отчет на ФЛ (если он в штате или по ГПХ), далее он сам закупает лицПО, и по авансовому отчету вы принимаете данные расходы.

а физическое лицо будет как-то гасить долг перед организацией? Если нет, то получается, что физ. лицо получил от вас доход, тогда вы должны удержать НДФЛ с его дохода и перечислить его в бюджет, если нет возможности удержать НДФЛ с доходов, сообщить в налоговую о невозможности удержать НДФЛ

Если к вашей организации данное физ лицо не имеет никакого отношения (не является ни работником, ни покупателем, ни поставщиком), то никаким образом платить за него вы не можете, нужно задаваться этим вопросом перед оплатой, чтобы с налоговой не было споров никаких.