Если физ лицо сдавало квартиру командировочнму и заключила с ним догвор для отчета. Бухгалтерия подаст в налоговую свед?

юр. лицо, которое производит выплаты физ. лицу, является налоговым агентом, т. е. в его обязанности входит исчислить, удержать и перечислить в налоговую 13% НДФЛ. глав. бух ни чего не решает, это без него уже решено и в НК РФ прописано. другой вопрос, что грамотных бухгалтеров, которые знают об этой обязанности налогового агента не так уж и много, либо знают, но не заморачиваются и эту свою обязанность просто игнорируют.
и обячзанность подать в ИФНС форму 2-НДФЛ, на физ. лицо получившее доход, ни кто не отменял. если НДФЛ удержан и уплачен не был, то в 2-НДФЛ ставится соотвтествующая отметка и ИФНС направит физ. лицу уведомление с требованием уплатить налог.

если оба контрагент молчат, то узнать об этом налоговая может во время проверки, если она, конечно, когда-нибудь будет.

Если никто не знает об этом, какие на хрен налоги.

Это решает Главбух!

Для однозначного ответа на этот вопрос не указана достаточная для этого информация, а именно: При заключении договора аренды в каком статусе выступает командировочное лицо ?
1)Если командировочный в договоре указан как физ. лицо, то получается что договор заключен между двумя "физиками" - значит в этом случае владелец квартиры должен сам подать декларацию и заплатить НДФЛ. И при этом неважно, что потом командировочный отразил документы в авансовом отчете, последственно это не имеет значение.
2)Если командировочный в договоре указан как представитель юр. лица ( в таком случае должна быть доверенность с правом заключать договор и ссылка на нее в договре) - то тогда арендатор выступает налоговым агентом со всеми вытекающими от туда последствиями.