что делать если в учетной политике предприятия не закреплена специфическая нумерация счетов-фактур выданных покупателям?

Счета-фактуры заполняются в соответствии с требованиями НК РФ. Согласно п. 1 пункта 5 статьи 169 НК РФ в счете-фактуре, выставляемом при реализации товаров (работ, услуг) , передаче имущественных прав, должны быть указаны порядковый номер и дата выписки счета-фактуры.
Непосредственно за нарушение нумерации счетов-фактур НК РФ штрафных санкций не предусматривает.
Однако при нарушении нумерации счетов-фактур претензии со стороны налоговых органов неизбежны. Дело в том, что контролеры могут заподозрить неполное отражение выручки от реализации товаров (работ, услуг) . Ведь у них не будет уверенности в том, что все выставленные счета-фактуры зарегистрированы в книге продаж.
В затруднительном положении может оказаться и покупатель. Налоговики наверняка откажут ему в вычете НДС, если установят, что хронология номеров выставляемых поставщиком счетов-фактур нарушена. Правда, шансы оспорить такие претензии проверяющих есть. Подтверждением тому являются судебные решения, принятые в пользу налогоплательщика. Так, ФАС Уральского округа пришел к выводу о том, что наличие в счетах-фактурах одинаковых номеров, но с разными датами, не является нарушением, предъявляемых к порядку оформления счетов-фактур. Следовательно, оно не может служить основанием для отказа в принятии вычета НДС, уплаченных поставщику (постановление от 13.05.2008 № Ф09-3337/08-С2 по делу № А76-19348/07). Отметим, что в данном случае судьи обратили внимание на то, что такой порядок нумерации счетов-фактур, в пределах месяца, поставщик установил в своей учетной политике.

в бух. программах 1С компьютер сам присваивает номера счетам-фактурам

что делать? закрепить...

Всегда можно написать дополнение к учетной политике.

ничего не делать, это не обязательно.