должна ли нумерация счетов и счетов-фактур совпадать

А Вы объясните своему бухгалтеру, что такие документы как Счет и Платежное поручение - вообще является бумажкой до того момента, как не становится задействованным в процессе. Т. е. Счетов вы можете выписывать ажн по тыще в день - будут ли они все оплачены покупателями - дело сто десятое и будет ли в дальнейшем состояться сделка между организацией и покупателем со всеми необходимыми доками - вот главный вопрос. Так и ПП - печатайте хоть стопку, но которые будут проходить по банку - являются документом. Ваша бухгалтер видит облегчение своей работы в некотором упорядочивании по номеру, что не есть верно, т. к. выписанный счет покупатель может попросить и разбить на несколько счетов или оплатить гораздо позже, чем в установленный срок.

Как могут эти счета по нумерации совпадать, если их выписка преследует разные цели? Счет выписывается на оплату товара (работ, услуг) , тогда как счет-фактура - для учета НДС. Да и счет - не обязательный атрибут, а счет-фактура - обязательная.

Не обязательно. Бухгалтер пусть законы свои почитает.

бред. одно с другим никак не связано

Бухгалтер явно не бухгалтер.. . В шею такого бухгалтера...

нет! мухи отдельно-котлеты отдельно. нумерация счёт-фактур совпадает только у исправленной счёт фактуры. даже корректировочная должна иметь новый номер.

нумерация счетов не обязательно должна соответствовать нумерации счетов-фактур, т. к. возможно выставление счетов на предоплату, на частичную оплату и т. д. Кроме того, по одной поставке может быть несколько счетов- фактур, например, на сумму полученного аванса ( а если их было несколько, то на каждую сумму) , по факту отгрузки, корректировочная счет-фактура.
Совпадение нумерации удобно, но практически не реализуемо.
Для удобства работы в программе 1С следите, чтобы документы создавались "на основании". Тогда можно будет просмотреть "связанные документы" и понять, какая счет-фактура на какой счет.

Номер счета не обязательно должен совпадать с номером документов на "закрытие". Потому как счет может быть выставлен, но не оплачен. А править нумерацию счетов - это бред. Ни одним нормативным документом такого правила не предписано. Счета должны быть просто хронологически по порядку и по датам. Похоже Ваш бухгалтер от жары закипает :)
Соглашусь с Татьяной Князевой, что совпадение нумерации удобно, но практически не реализуемо :)