Вопрос к бухгалтерам и к тем, кто в теме!!! За чей счет выплачиваются работникам декретные, я ИП и ООО? ФСС?

Это зависит от того, на каком вы режиме налогообложения. Если на общем, возмещает ФСС. Если на УСН, ЕНВД или ЕСХН, читайте закон Федеральный закон об обеспечении пособиями по обязательному социальному страхованию граждан, работающих в организациях и у индивидуальных предпринимателей, применяющих специальные налоговые режимы, и некоторых других категорий граждан 190-ФЗ и консультируйтесь с ФСС.
http://nalog.consultant.ru/doc40267.html

если Вы собственник бизнеса - в в конечном итоге - за Ваш счет. ФСС после правильно представленного расчета вам на счет вернет только перерасход по больничным. фактически (хоть и считается за счет ФСС) у вас меняется только получатель ваших средств - не фонд, а ваша работница. До 2010 полностью ФСС возмещался расход по б/л только УСН-щикам и ЕНВД-шникам. А с 2011 ВСЕ платят эти взносы в ФСС, так что у вас получится платить либо в Фонд (где вы по-любому обязаны) , либо декретнице (при этом уменьшив свои платежи в фонд) и получив перерасход из Фонда.

Больничный до и после родовый - как обычно, 3 дня работодатель, остальное ФСС. По уходу за ребенком до 1,5 лет - полностью ФСС

Больничный по беременности и родам возмещается ФСС за все 140 дней больничного, но не более 159 178 руб. То есть Вы его выплатите, а затем вместе с отчетностью подадите заявление на возмещение. Образец заявления можно найти на сайте ФСС.