Вопрос - имеем ИП на упрощенке, т.е. налог с дохода.

Какие глупости! Если у Вас правильно оформлены документы (посреднический, агентский договор, отчеты агента) , то налоговая совершенно не может к Вам придираться. Ваши доходы - это только Ваше вознаграждение.
Например: Письма Минфина России от 19.04.2010 N 03-11-06/2/61, от 01.12.2009 N 03-11-06/2/252, от 22.12.2008 N 03-11-04/2/201, УФНС России по г. Москве от 14.12.2005 N 18-12/3/91935. Очень много разъяснений на эту тему.
В силу пп. 9 п. 1 ст. 251 НК РФ посредник-"упрощенец" не учитывает в своих доходах:
имущество (включая денежные средства) , которое поступило ему в связи с исполнением обязательств по посредническому договору. В частности, это могут быть:
- товары доверителя, переданные посреднику на реализацию;
- денежные средства, перечисленные посреднику покупателем товаров (работ, услуг) доверителя;
- товары, приобретенные посредником у третьих лиц для доверителя;
- денежные средства, перечисленные посреднику доверителем с целью приобретения у третьих лиц товаров (работ, услуг) для доверителя.
Не поддавайтесь на провокации ИФНС. Отстаивайте свою позицию.

Посредник пусть берет свои деньги а остальное напрямую поставщику. Налог УСН 6% берется со всего полученного Вами дохода и ни каких ЕСЛИ не может быть. Переходите на УСН 15 % (доходы-расходы) .

Вот что пишет по этому поводу "Консультант-плюс". если агентский договор составлен правильно, вы должны отстаивать свои права. УДАЧИ))))) )
....Таким образом, доходом комиссионера, применяющего УСНО, является исключительно комиссионное вознаграждение, а не общая сумма средств, полученных по договору комиссии. Кстати, это подтверждает и Минфин России в своем письме от 16 октября 2007 г. N 03-11-05/250.
Итак, доходом комиссионера, использующего УСНО, признается сумма комиссионного вознаграждения и иных доходов, полученных им по договору комиссии, при этом не имеет значения, какой объект налогообложения используется комиссионером, применяющим УСНО, - "доходы" или "доходы, уменьшенные на величину расходов".
В отношении момента признания доходов комиссионером, использующим УСНО, проблем не возникает только в случае, если он не участвует в расчетах. В этом случае комиссионное вознаграждение либо перечисляется комитентом на расчетный счет посредника, либо вносится наличными в кассу. День получения комиссионного вознаграждения признается датой получения дохода.
Но обычно договором комиссии предусматривается, что расчеты комитента с третьими лицами производятся с участием комиссионера, причем последний самостоятельно удерживает сумму своего вознаграждения из сумм, полученных от покупателей, а остаток средств перечисляет комитенту.
Датой признания дохода комиссионера и в этом случае является именно дата поступления денежных средств на расчетный счет или в кассу организации, при этом не имеет значения, принял или нет его отчет комитент, то есть дата оказания услуги роли не играет.
Если услуга еще не оказана (отчет не принят) , то сумма комиссионного вознаграждения, "сидящая" внутри оплаты, полученной от третьих лиц, признается для комиссионера авансом, который, как известно, при кассовом методе включается в состав доходов.

(Статья: Упрощенная система налогообложения (Авдеев В. В. ) ("Налоги" (газета) , 2009, NN 7, 8, 9))