что будет если сдать нулевую отчетность ООО хотя деятельность велась и были обороты через банк???

Если попадете под проверку налоговой в течение последующих лет, когда будет проверен этот период, будет бо-бо, и очень сильно (смотря что там с налогами) .
А если не будет проверки, то ничего не будет.

Придут, проверят и доначислят налоги и штрафы и пени, А может пронесет.

А с какой целью вы хотите нулевую сдать? Чтобы уйти от налогов -не получится, если просто временно (мало ли -бух заболел или компы зависли) , сдайте нулевые отчеты, потом когда все восстановите -сдадите уточненки, только сначала налоги надо заплатить. Тогда штрафов не будет.

Не поможет, запросят выписку из банка, а банк Вас сдаст. Кстати Вы в налоговую сообщали об открытии счета?

Вот что получится: вы сдаете нулевые отчеты, получаете штрафы (100 рублей за каждую несданную декларацию) , потом сдаете уточненные отчеты, получаете требование об уплате пени за несвоевременную уплату налогов. Как-то так. Ну, и надо сразу готовиться к выездной проверке. Странно, что у вас не блокировали расчетный счет. По-моему, за несданную отчетность имеют право.

вы очень мало исходных данных дали: если счет был открыт 3 года назад, то что сдавали (или вобще не сдавали) все это время? Если сдавались нулевки, а не было оборотов, то смело сдайте и теперь такие же нулевки. Затем сдадите уточненки за этот период. Насчитают только пени за период от начисления до уплаты. Если же обороты все это время были и сдавались полноценные отчеты, а тут вдруг нулевка, то вопросы к вам возникнут немедленно и с уточненкой надо поторопиться и т. д.
написали бы конкретно, можно было бы точнее ответить

Неприятности будут и разборки.

потом всё равно надо будет сдавать нормальную отчетность, заплатить штраф и пени придется обязательно