Подскажите при совсмещении ЕНВД и УСН должен вестись раздельный учёт, в чем он заключается?

Порядок ведения раздельного учета при применении одновременно двух указанных спецрежимов НК РФ не установлен. То есть налогоплательщику нужно выбрать методы распределения показателей по видам деятельности, а также определить, на основании каких документов осуществляется раздельный учет. Разработанный порядок ведения учета нужно закрепить в приказе об учетной политике или в любом локальном документе, утвержденном приказом руководителя организации (приказом ИП) . Раздельному учету могут быть посвящены несколько документов, которые в совокупности должны содержать все правила, касающиеся порядка его ведения.
При совмещении режимов следует разделять доходы и расходы. На практике с учетом доходов сложностей не бывает - всегда можно определить, от реализации каких товаров (работ, услуг) получены денежные средства или иное имущество. А вот расходы могут быть связаны:
- с деятельностью, облагаемой в соответствии с УСН;
- с деятельностью, облагаемой ЕНВД;
- с двумя видами деятельности.
Если расходы можно обоснованно отнести к определенному виду деятельности, то никаких проблем с раздельным учетом не возникнет.
Если на дату оплаты приобретенных сырья и материалов налогоплательщиком, применяющим упрощенную систему налогообложения и систему налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности, невозможно определить, для какой предпринимательской деятельности будет использовано это сырье (материалы) , то в графе 5 "Расходы" Книги учета доходов и расходов организаций и индивидуальных предпринимателей, применяющих упрощенную систему налогообложения, отражается общая стоимость приобретенного сырья (материалов) на дату его оплаты.
При передаче сырья (материалов) для предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом на вмененный доход, в графе 5 названной Книги следует отразить операцию уменьшения (сторно) расходов на стоимость данного сырья (материалов) по состоянию на дату его приобретения и оплаты. При необходимости в этом случае следует уточнить размер налога (авансовых платежей по налогу) , уплачиваемого в связи с применением упрощенной системы налогообложения, за соответствующий налоговый (отчетный) период.

На ЕНВД учёт вести необязательно.. .
Налог на этом виде деятельности не зависит от выручки и расходов...

организация, совмещающая два спецрежима, один из которых не освобождает ее от ведения бухучета, должна вести бухгалтерский учет, составлять и представлять бухгалтерскую отчетность в целом по всей организации.

А на ЕНВД - надо вести бухучет. А т. к. учет раздельный, то и по УСН вы тоже ведете бухучет. Т. е. открываете отдельные субсчета, допустим выручка: 90.1.1. - ЕНВД, 90.1.2. - УСН, или ЗП: 70.1. - ЕНВД, 70.2. - УСН. И все затраты, которые невозможно отнести к конкретному виду деятельности, делите пропорционально выручке, полученной по обоим видам деятельности. Например, ЗП директора - 10000, выручка по ЕНВД - 50000, по УСН - 100000. Тогда ЗП относящаяся к ЕНВД будет = 10000 х 50000 / 150000 = 3333,33, следовательно на расходы по УСН будет отнесена сумма: 10000 х 100000 / 150000 = 6666,67 (или 10000 - 3333,33).