Раздельный учет при совмещении УСН и ЕНВД

При продаже у Вас должны четко стоять проводки в документе. Счет доходов при УСНО 90.1.1, при ЕНВД 90.1.2, далее счет учета НДС поставьте 90.3 (все-равно у Вас выбрано без НДС) , далее счет учета расходов также как доходы УСНО-90.2.1, ЕНВД 90.2.2. Это можно настроить чтобы появлялось само-нужно настроить позиции номенклатуры.
Далее при оприходовании можно разносить двумя способами: 1. Определяете процент распределения в ручную и заполняете документ на приход двумя позициями: 1)УСН счет учета 44.1.1 расходы принимаются, 2)ЕНВД счет учета 44.1.2 расходы не принимаются.
еще один способ заносите позицию в приход на услуги одной строкой расходы ставите 44.1.3 и распределяются. Затем вводите процент распределения по системам налогообложения в разделе зарплата (процент вводится помесячно) . Но второй способ у меня по крайне мере иногда выдает такую ерунду) .
Зарплату также лучше в месяц заводить двумя документами по ЕНВД и УСН.
Тогда будет все хорошо. И в книгу доходов все попадет как надо.
С 91 посложнее. Чтобы в книгу попало то, что надо и не попало что не надо по сч. 91 можно завести субсчета, но не забывайте при обновлении программы нужно чтобы они не затирались. Второй способ по сч. 91 стаивте на 91.01 (доходы) , или 91.02 расходы. Но при выборе номенклатуры по 91 у Вас должно быть заведено в справочник одна позиция включается в расходы и вторая не включается.
А для ИФНС можно в ексель сделать табличку по тем позициям которые у Вас должны распределяться. Если надо пишите скину примерную

Настройка проводок точно не скажу где, под рукой нет программы, регулируйте корреспонденцию 90,1,1 и 90,1,2 и также себестоимость 90.2.1 и 90.2.2. с Дт 62 счета