Какую запись правильно сделать в труд. книжке при увольнении ген. директора?

Может уволится по собственному желанию.
При внесении записи в трудовую книжку о назначении/увольнении генерального директора в графе 4 представляется возможным указать как решение общего собрания участников (иное решение работодателя) , так и приказ генерального директора о прекращении работы в должности.
Аналогичной позиции придерживается Роструд в своем Письме от 22.09.2010 N 2894-6-1.
Об изменениях руководящего состава необходимо будет уведомить налоговиков. Ведь все "личные" данные гендира (Ф. И. О. , паспортные данные, ИНН) должны быть внесены в ЕГРЮЛ (пп. "л" п. 1 ст. 5 Федерального закона от 8 августа 2001 г. N 129-ФЗ) . Причем сделать это необходимо в течение ТРЕХ рабочих дней с момента смены человека.

пол соглашению сторон лучше

Я совсем не кадровик, но рассуждая здраво, единственный учредитель и гендиректор в одном лице не может увольняться в обычном порядке - т. к. кто его увольнять, действительно, будет? Сам себя?
Должен быть другой документ - о передаче бизнеса и выходе из управления компанией. Тогда в трудовой можно было бы сделать соответствующую запись: "прекратил исполнять обязанности гендиректора в связи с передачей... " - со ссылкой на документ. И заверять это, видимо, должна та инстанция, которая заверяла передачу компании.
Не передал же он бизнес без документов: на, Вася, теперь ты рули?

а если сделать по собственному желанию... а приказ, т. е заявление задним числом написать???