ИП находится на ЕНВД Магазин.

ЕНВД - это только розничная торговля. если вы работаете по безналу, то это уже сччитается оптовой торговлей и под ЕНВД не подпадает. если присутствует и розничная и оптовая торговля, то вам нужно вести раздельный учет. а опт не обязательно на ОСНО переводить, если соблюдаются все условия, можно и УСН. хотя с УСН на след год вы опоздали уже, так что придется на ОСНО остановиться. а налоговая выдвигает правомерные требования. причем скорее всего что и тот период в который вы торговали безналом вам нужно будет по ОСНО отчитаться (

правомерна. была бы у Вас еще розница-было бы проще остаться на ЕНВД. а так как у Вас -100% -безнал. ( как я понял из вопроса!).. -то заставят.

Скорее всего, налоговая требует от Вас перехода на ОСНО в связи с тем, что Вы работаете по безналу с организациями, да, и это правомерно. Вот если бы Вы работали с покупателями-физиками, тогда непровомочно требовать от Вас перехода на ОСНО на том основании, что Вы выписываете с\ф,
P.S. при чем по идее Вы должны не просто перейти на общий режим налогооблажения, а Вы должны исправить и пересчитать всю отчетность и налоги соответственно, в связи с тем, что неправильно применяли систему налогообложения.

Загляните на www.clerc.ru. Честно говоря, я юрист и помочь с этим не могу, а вот этот сайт чисто бухгалтерский.

Ну это не из-за того, что вы выписываете счет-фактуру. По какому-то показателю вы не подходите под ЕНВД. Посмотрите региональный закон. Площадь магазина должна быть менее150м2,товарооборот есть ограничения и т. д. В регионах по разному может быть. Они решили что вы занимаетесь оптовой торговлей. Но если вы продаете конечному потребителю, а не для перепродажи и производства-это розница.