Если чел-к не в штате организ. , а работает по договору, имеет ли право организ. вычитать из суммы договора налоги?

Вообще в договоре должна быть прописана сумма и в том числе НДФЛ 13% который уплачивает работодатель, Это единственный налог который с вас удерживается, все остальные налоги платит работодатель из своих средств.

По трудовому договору... сумма пишется с налогом, выплачивают за минусом НДФЛ (в таком договоре не прописывается НДФЛ)

При этом, он вам должен предоставить 2 НДФЛ за год (на 31.12.2011) так как работодатель отчитывается по данному налогу в ИФНС раз в год и показывает ваши доходы.

организация ОБЯЗАНА это делать.
иначе ее оштрафуют за неисполнение обязанностей налогового агента

а это смотря что об этом в договоре прописано

Я работала в дочерней компании РЖД по договору, мне вычитали налог. Не думаю, что такая организация позволяет себе допускать нарушения.

Обязанности по исчислению, удержанию у налогоплательщика и перечислению налогов в бюджетную систему РФ возложены на налоговых агентов (п. 1 ст. 24 НК РФ) .

Пунктом 1 ст. 226 НК РФ установлено, что российские организации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик (физическое лицо) получил доходы, признаются налоговыми агентами, то есть обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 224 НК РФ. Исчисление и уплата НДФЛ производятся в отношении всех доходов налогоплательщика, выплачиваемых налоговым агентом, за исключением доходов, перечисленных в ст. 214.1, 227, 228 НК РФ (п. 2 ст. 226 НК РФ).

вообще нет, но у меня вычитали налог, я не спорила, т. к. работа и зарплата нравились

Выплаты, которые работники получают от организации за выполнение условий гражданско-правового договора, облагаются по ставке налога 13 процентов (п. 1 ст. 224 НК РФ) .
В соответствии с пунктом 3 статьи 210 НК РФ для доходов, облагаемых по ставке 13 процентов, налоговая база по налогу на доходы физических лиц определяется как денежное выражение таких доходов, подлежащих налогообложению, уменьшенное на сумму налоговых вычетов, предусмотренных в статьях 218–221 НК РФ.
Российское налоговое законодательство позволяет налогоплательщикам получать у работодателя лишь несколько налоговых вычетов: стандартные (ст. 218 НК РФ) , имущественные (подп. 2 п. 1, п. 3 ст. 220 НК РФ) и профессиональные (ст. 221 НК РФ).