Какие документы выдаются покупателю по договору поставки на начисленные и оплаченные пени согласно договора.

Наталья, Вы совершенно правы, никаких актов выполненных работ по пеням и штрафам, согласно условиям договоров не составляется. Штрафные санкции или признаются и
уплачиваются добровольно, или не признаются должником, и тогда предстоят
судебные разбирательства, или третий вариант, когда нарушение есть, но должник
не реагирует на Ваши претензии, выставляемые счета, а Вашей организации недосуг
отстаивать свои права и каждый остается при своих интересах. Тогда штрафные санкции ни одной стороной не отражаются ни в бухгалтерском, ни в налоговом учете.

В Вашем случае, должник оплатил, согласно Вашего счета пени.
Однако ,Статьей 331ГК РФ предусмотрено, что соглашение о неустойке должно быть совершено вписьменной форме независимо от формы основного обязательства.
Доходы в виде неустойки являются внереализационными и отражаются в налоговом учете на
дату признания должником соответствующей суммы либо в момент вступления в силу
решения суда, если взыскание неустойки производилось в судебном порядке (п. 3 ст. 250
НК РФ) .
Для признания штрафов, пеней, неустоек в составе внереализационных расходов
необходим документ, который подтверждает факт нарушения договорных обязательств
должником. То есть должно выполняться требование ст. 252 НК РФ, расходы должны быть обоснованы и документально подтверждены.
Документом, подтверждающим признание организацией штрафных санкций, может служить ее
письменное согласие уплатить соответствующую сумму (Письмо ФНС России от 26.06.2009 N 3-2-09/121).
При этом, как следует из Письма, платежные поручения по уплате неустоек сами по себе не свидетельствуют о признании данных санкций должником. Документом, подтверждающим признание должником неустойки, может служить письменное согласие организации оплатить
долг в указанном размере. Иными словами, договора, в котором определен размер
штрафных санкций, и платежных поручений, подтверждающих их уплату, недостаточно
для признания внереализационных расходов.
В связи с вышеизложенным, можно порекомендовать вашему контрагенту не требовать от вашей
организации акта, а написать письмо, в котором дается письменное согласие организации оплатить долг в указанном размере в предъявленном Вашей организацией счете .