Акт сверки с контрагентом. У нас упрощенка

То что вы делали это скорее всего ваши внутренние разбирательства, не имеющие большого отношения к контрагентам. Может округляли офиц. отгрузки, зачеркивали черный нал.
Чтоб сделать сверку с контрагентом, как правило запрашивается у него акт сверки, затем вы печатаете свой за тот же период и сравниваете. Одинаковые цифры, за одинаковое число и с одинаковым номером у себя и в их акте зачеркиваете, ставите галки, обводите или что вам больше нравиться.
Если сверка с покупателем и у вас не хватает оплат, значит проверяете свою выписку из банка и запрашиваете у них копию платежки. Если у них нет каких-то документов от вас, значит поднимаете первичку, смотрите наличие подписей и печатей с их стороны, если они имеются значит вы делаете им копию, чтоб они это отразили у себя.
Если сверка с поставщиком, то наоборот.
Когда вы устраните все несоответствия у себя, а они у себя, то уже печатаете нормальный акт сверки и подписываете с обоих сторон.
Вот как-то так.

При составлении акта сверки система налогообложения роли не играет. Название АКТА СВЕРКИ говорит само за себя. Вы сверяетесь с контрагентом на предмет имеющейся задолженности друг другу, т. е крыжите каждую операцию. Правильно ли отражены у контрагента все операции по отгрузке и оплате товаров, работ, услуг? Если обнаружится операция, которая не отражена у одного из контрагентов, включая вас, то определяются причины этого не отражения. При обоснованной причине принимаются меры, чтобы контрагент убрал из акта эту операцию, при необоснованной - чтобы вставил аналогичную. Что же касается так называемых ЧАСТНЫХ ДОЛГОВ, то скорее всего, это ЧЕРНЫЙ НАЛ, который с вашей стороны не проведен. Но это проблемы только ваши, которые могут когда-нибудь всплыть в неподходящий момент.