В 1с формирую зарплатную ведомость за месяц, а в столбце начисления появляются цифры которые не являются окладом.

Вы бы написали, в какой конкретно программе работаете, а то получите кучу ответов по разным программам.
В программе 1С7.7 Бухгалтерия очень упрощенный расчет зарплаты-автоматически берет оклады, установленные на последнее число месяца, за который рассчитывается зарплата и все. Она не рассчитывает количество отработанных дней и, если сотрудник отработал меньше месяца, нужно рассчитать его вручную и поставить нужную сумму.

Проверьте графики работы этих сотрудников, может не прошел кадровый приказ об увольнении. По поводу окладов, проверьте вкладку - постоянные начисления.

https://kontur.ru/kontur-zarplata?p=3476 - КОНТУР. ЗАРПЛАТА - Автоматизированный расчет зарплаты и подготовка отчетности.

- Справляется с нестандартными схемами учета труда
- Имеет готовые версии для ключевых отраслей

Программа Контур-Зарплата позволяет формировать отчетность в ФНС, ПФР, ФСС и другие контролирующие органы: 4-ФСС, РСВ-1, СПВ-2, ДСВ-3, СЗВ-К, 2-НДФЛ, П-4, отраслевые статистические формы ЗП и другие.

Все виды отчетности формируются максимально корректно по имеющимся данным и в соответствии с требованиями действующего законодательства. Их можно напечатать и выгрузить в формате КО для последующей отправки по ТКС.

В программе есть встроенные механизмы проверки отчетности и возможность посмотреть, откуда взялась та или иная цифра.

Также система Контур-Зарплата позволяет вести налоговый регистр с отражением уплаченных сумм в разрезе сотрудников с детализацией в рамках источников финансирования, объектов, с указанием даты и номера платежного поручения.