ООО регистрируется в январе 2013 по юр. адресу в районе "А", вид деятельности розничная продажа п

1. ЕНВД не Вы выбираете, ЕНВД выбирает Вас! Если розничная торговля в Вашем регионе попадает под ЕНВД - вы просто попали на этот режим.
2. Если в Вашем городе в каждой из налоговых, где собираетесь торговать, разный ОКАТО - то платить налог надо по отдельности в каждую налоговую. И встаете на учет в каждую налоговую. и отчетность по ЕНВД отправляете
в каждую налоговую. Принцип такой - если платите налог, он должен быть начислен.
3. По месту регистрации Вы отчитываетесь в целом по предприятию - т. е. бух. отчетность + НДС или УСН (в зависимости от наличия того или иного режима)
4. По НДФЛ - не уверена, но платится налог по месту начисления дохода. Думаю платить и отчитываться надо по нескольким налоговым
5. Посмотрите еще на проблему появления обособленных подразделений.. . Вы и на эту проблему можете легко попасть, если ОКАТО разные...

начнем с того, что с 2013 года ЕНВД выбирается по желанию.. .
далее.. при открытии каждого магазина, у вас создаются обособленные подразделения-вы должны уведомить головную ИФНС о таком создании в течении 1 мес с даты создания/приказа о создании
НДФЛ з работников магазинов платится по КПП, которые получат ваши обособки
ну далее, если вы хотите ЕНВД-ставитесь на учет по любому ОП, далее сдаете все декларации по ЕНВД с разными адресами в ту ИФНС, в которой вы первой стали на учет по ЕНВД
ПФ+ФСС по голове, прибыль-письмо в ИФНС. что будете сдавать по голове, если ОП без своего баланса-баланс один по голове

1. Надо встать на учет в каждой налоговой. 2.Декларации в каждую налоговую, где стоите на учете как плательщик ЕНВД, соответственно, туда и перечисляете начисленный налог. В районе А сняться с учете как плательщик ЕНВД, ФСС и ПФР (по всем магазинам и офису) в р-оне А, отчитываетесь и перечисляете. НДФЛ с сотрудников, работающих в р-оне А. отчитываетесь и перечисляете в в налоговую р-онеа А, по сотрудникам каждого отдельного магазина - налоговым соответствующего района.