Работодатель не отчислил за работника в налоговую.

За работников работодатель обязан отчитаться и сдать отчет 2 ндфл за год. В справке на каждого работника указываются суммы начисленных и перечисленных налогов. Попросите у бухгалтера такую справку за 2012г. В ней все будет видно. Если не указан перечисленный налог. то спросите у бухгалтера, почему он этого не сделал. А если стоит, что налог перечислен, то с этой справкой идите в налоговую и пусть они сами разбираются с Вашим работодателем.
Если по какой- то причине бухгалтер не удерживал у Вас ндфл и в ведомости на з/п стоят суммы на руки без удержания, то вам надо будет заполнить 3ндфл срочно и сдать до 30 апреля. А налог уплатить до 15 июля

Так как работодатель удержал у вас налог на доходы (видно по справке 2-НДФЛ) , то обязан, как агент, их перечислить в бюджет, а не присваивать себе.
Вы чисты перед налоговой.
Если инспектор настаивает - он не прав. Напишите письмо в 2-х экземплярах на имя начальника налоговой инспекции с приложением копии справки 2-НДФЛ. Сдайте в канцелярию налоговой - вам придет ответ.
Иногда достаточно лично обратится к зам. начальника налоговой инспекции с этим вопросом устно и показать справку - и вопрос будет решен. .
В такой ситуации налоговая инспекция должна идти к вашему работодателю с камеральной проверкой - а им не хочется, много работы и маленькие штрафы.
НЕ ПЛАТИТЕ.
ВАШ РАБОТОДАТЕЛЬ УЖЕ УДЕРЖАЛ НАЛОГ И ПРИСВОИЛ ЕГО СЕБЕ.

пойти к работодателю и взять справку 2-НДФЛ за 2012 год, мотивируя тем, что вам нужно для возврата денег за лечение. .
100%,что в ней будет стоять-удержано=перечислено.. .
а потом можно с копией этой справки в налоговую...