Налоговый вычет при покупке жилья возвращается тот который удержан работодателем или тот который перечислен в налоговую?

ну, логично, что ту, которая в бюджет поступила. а ту, которую работодатель в свой карман положил как налоговая вернет? они же эти деньги не получали, нечего и возвращать.
а работодатель-то, что по этому поводу говорит? почему он не всю удержанную сумму перечислил в налоговую?

Тот факт, что налоговый агент при выплате дохода налогоплательщику удержал НДФЛ, но не перечислил его в бюджет, не является для налоговых органов основанием для отказа налогоплательщику в предоставлении ему имущественного налогового вычета по НДФЛ по пп. 2 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса РФ. В соответствии с пп. 5 п. 3 ст. 45 НК РФ если обязанность по исчислению и удержанию налога из денежных средств налогоплательщика возложена в соответствии с НК РФ на налогового агента, то обязанность по уплате налога считается исполненной налогоплательщиком со дня удержания сумм налога налоговым агентом.
Таким образом, в случае если налоговый агент при выплате дохода работнику удержал НДФЛ, но не перечислил его в бюджет, то налогоплательщик вправе воспользоваться налоговым вычетом по расходам на приобретение квартиры. Если налоговый орган отказывает в предоставлении имущественного налогового вычета в связи с тем, что работодатель не перечислил налог, то данные действия являются незаконными и их необходимо обжаловать

Имущественный вычет осуществляется по начисленной сумме НДФЛ у работодателя. Работодатель является налоговым агентом и перечислить НДФЛ - это его обязанность. Если он самостоятельно этого не сделал, то данные суммы будут списаны у него в принудительном порядке.