Заказчик выставил штрафные санкции, мы их провели, после оплаты остаточной суммы у меня на 62 на конец периода зависли

Почему Вы проводите по 62, у Вас что реализация? Вы же на сумму штрафа завышаете выручку. Штраф проводите по 76.5 и засчет прибыли. Тогда и чехарды не будет))))

Согласно  п. 12 ПБУ 10/99 в бухгалтерском учете признанные должником неустойки (штрафы, пени) за нарушение договорных обязательств включаются в состав прочих расходов. При этом неустойки (штрафы, пени) принимаются к бухгалтерскому учету в суммах, присужденных судом или признанных организацией (.п. 14.2 ПБУ 10/99).
Согласно  п. 16 ПБУ 10/99 расходы признаются в бухгалтерском учете при наличии следующих условий:
- расход производится в соответствии с конкретным договором, требованием законодательных и нормативных актов, обычаями делового оборота;
- сумма расхода может быть определена;
- имеется уверенность в том, что в результате конкретной операции произойдет уменьшение экономических выгод организации. Такая уверенность имеется в случае, когда организация получает решение суда, согласно которому организация обязана уплатить присужденную сумму, либо сама признает сумму неустойки письменным подтверждением, выражая готовность уплатить штраф, или же фактически оплачивает неустойку (штраф, пени) .
Расходы подлежат признанию в бухгалтерском учете независимо от намерения получить выручку, прочие или иные доходы и от формы осуществления расхода (денежной, натуральной и иной) (.п. 17 ПБУ 10/99).
В соответствии с  п. 18 ПБУ 10/99 расходы признаются в том отчетном периоде, в котором они имели место, независимо от времени фактической выплаты денежных средств и иной формы осуществления (допущение временной определенности фактов хозяйственной деятельности) . Таким образом, расходы в виде санкций по договорам признаются на дату получения решение суда или на дату направления письменного подтверждения, выражающего готовность организации заплатить штраф, либо на дату оплаты неустойки (штрафа, пени) .
После признания (присуждения) неустойки должник относит ее на увеличение прочих расходов и в том же отчетном периоде делает запись на соответствующую сумму:
Дт 91,субсчет "прочие расходы" Кт 76, субсчет "расчеты по притензиям" - отражены штрафные санкции за нарушение договорных обязательств, присужденные судом или признанные;
Дт 76, субсчет "расчеты по притензиям" Кт 51 - оплачены штрафные санкции за нарушение договорных обязательств.
Документами, необходимыми для признания в составе внереализационных расходов неустойки (штрафа, пеней) , являются:
- договор, предусматривающий уплату санкций;
- двусторонний акт;
- письмо о согласии уплатить санкции контрагенту (в полном объеме либо в меньшем размере исходя из условий заключенного договора) , подтверждающее факт нарушения условий договора и позволяющее определить размер признанной суммы неустойки.
При этом обстоятельством, свидетельствующим о признании должником обязанности уплачивать сумму штрафа, является, как письменное подтверждение, выражающее готовность заплатить штраф, так и фактическая уплата. В налоговом учете такие расходы в соответствии с  пп. 13 п. 1 ст. 265 НК РФ должник может включить в состав внереализационных расходов для целей налогообложения прибыли признанные или подлежащие уплате на основании решения суда, вступившего в законную силу, штрафы, пени и (или) иные санкции за нарушение договорных или долговых обязательств, а также расходы на возмещение причиненного ущерба.

У вас учет по договорам ведется? Возможно штраф висит на одном договоре, а отгрузки и оплаты на другом. Тогда просто на 1 договор перевесьте. Или "корректировку долга" с этого контрагента на него же, только договора разные.
Возможно у вас 62.01 и 62.02 путаница? То есть штраф болтается на 62.01 а неоплач. услуги на 62.02 попали?

читайте почаще пбу 10 и пбу 9....