как лучше, когда уточненка по НДС идет на меньшую сумму к уплате, чем было или наоборот?

Я подавала уточнёнки как в большую сторону, так и в меньшую. Камералки были всегда. Но требований о предоставлении документов и объяснений ещё не приходило. Если конечно Вы не уменьшите до возмещения из бюджета.
Просто надо учесть, что если будет увеличен налог, то уточнёнка ляжет 20.07 и до момента доплаты начисляться пени.
И ещё один случай из практики, подала я на увеличении налога была камералка и пришёл акт с вызовом и планируемым штрафом за неуплату. ХОТЯ была переплата по НДС. В итоге разобрались и акт отозвали. На вопрос мой почему так получилось, сказали программа выдаёт недоплату, если залезть в карточку и посмотреть как ложились зачёты, декларации и уплаты, то видно что минусов у нас нет по этому КБК.
Так что Вы при подаче уточнёнки не застрахованы ни в случае увеличения, ни в случае уменьшения налога.

Если покажете в уточненке сумму, меньшую, чем первоначально заявленная к уплате в бюджет, однозначно будет камеральная проверка, сообщение из ИФНС с требованием объяснения причин, и требование предоставления документов: обеих книг, первички. Лучше уточняться на бОльшую сумму.
НО: перед сдачей уточненной декларации обязательно уплатите в бюджет разницу и пени, и только потом сдавайте уточненку. Если сначала сдача уточненки, а потом уплата (или неуплата) , то придется заплатить штраф.

Подавайте меньшую сумму, платите с запасом, чтоб пеней не было. Потом подадите на увеличение. То, что инспекторам все равно, не поверю. Подадите декларацию к уменьшению от первоначальной, сто пудово придет требование с объяснением причин снижения суммы налога. Лишняя забота объясняться. А плохо объясните, могут и камералку впаять. Оно нам надо?

Отвечу Вам как бывший инспектор ИФНС нам все равно лишь бы документально все было без нарушений.