Вопрос про оптово-розничную торговлю

Деятельность - торговля зоотоварами посредством интернет-магазина.
Если ваши покупатели работают с НДС, то вам лучше общий режим.
Кто этот покупатель, которому нужен НДС с зоотовара из интернет магазина? Ферма по разведению мексиканских тушканов, и продающая их шкурки оптом на изготовление шуб?
розничная фирма работает на УСН 6% .
Это какая накрутка должна быть по зоотоварам (не меньше 200%), чтобы был выгоден УСН 6%.

Особенности в интернет магазине.
Продажа товара через интернет магазин - ни при каких условиях не попадает под ЕНВД (продажа по образцам и каталогам) , При этом есть "значительные" расходы - себестоимость товара, расходы по содержанию интернет ресурса, зарплата работников, аренда, Тут выбор между УСН 15% и ОСНО, но вот на зоотовары сложно найти оптового покупателя, который затребует НДС, а потому скорее всего УСН 15%. Оптовики конечно будут, но как правило это будут владельцы розничных магазинов и павильонов, которым НДС так же не нужен.
Помимо самой торговли, есть еще и доставка товара. А вот тут уже можно и ЕНВД применить, если позволяет местное законодательство.
Кроме того "выгодность" ЕНВД надо просчитать, возможно по услугам будет выгоднее УСН 6% (с дохода)

Итак выбор за Вами:
1) Одна организация на УСН 15%
2) Одна организация на УСН 15% + ЕНВД (по транспортным услугам)
3) 2 организации, из них 1 на УСН 15% (торговля) 2 ЕНВД (транспортные услуги)
4) 2 Организации, из них 1 на УСН 15% (торговля) 2 УСН 6% (транспортные услуги)

начнем с того, какое предприятие вы предполагаете вести на рознице? интернет-магазин? на ЕНВД его не бывает, на ОСНО он не выгоден... остается УСН.. .
УСН+ОСНО вместе не бывает... остается УСН... выбирать не из чего...

Если ваши покупатели работают с НДС, то вам лучше общий режим.
Допустим, оптовая фирма работает с юридическими лицами для которых важен НДС, а розничная фирма работает на УСН 6% от дохода с физ. лицами. Тогда 2 фирмы лучше.

Если НДС никому не нужен, то тогда поступайте как вам удобнее. Можно все вести в одной фирме.