Работник купил квартиру, принес документ на вычет. Как понять сколько с него не удерживать и срок. Не сталкивалась раньше

Техника проведения вычета в организации :

Бухгалтерия компании, в которой работает заявитель, должна предоставлять вычет с того месяца, в котором было получено от него заявление. Ранее действовало положение, которое позволяло совершать это действие с начала года, в каком месяце бы не подавалось заявление. С некоторого времени оно не применяется. Продолжаться возврат налога будет до того времени, пока суммарные доходы не сравняются с размером имущественного вычета.
Возврат НДФЛ можно осуществить из суммы этого налога, удержанного с зарплаты других сотрудников организации. А можно подать заявление в инспекцию о зачете либо возврате НДФЛ.
Если же доход работника за налоговый период окажется меньше суммы причитающегося вычета, то следует его направить в налоговую инспекцию за возобновлением уведомления.
В том случае, если в процессе получения вычета налогоплательщик меняет место трудовой деятельности, то новому работодателю предоставленное ранее уведомление не передается.
Менять налогового агента работник может, если у него несколько работодателей, выплачивающих ему доход. Но осуществить это можно лишь по окончании календарного года. Контролирует это налоговая инспекция.

http://largo.ru/blog/accounting/post/poluchenie_imushchestvennogo_vycheta_po_mestu_raboty_chto_dolzhen_znat_bukhgalter-785/

сотрудник должен сдать документы в ИФНС!
И там либо получить вычет прямо от ИФНС, либо получить от них документ для бухгалтерии. На основании этого документа вы и будете "не удерживать" у него НДФЛ.

посылай его.. . в ИФНС по месту жительства