как механически обнулить оборотно-сальдовую ведомость по всем счетам на конец года?

Операцией в ручную можно просто сторнированный все счета.
Хотя не советовал бы вам вводить остатки таким образом. Или пробуйте исправить то, что до вас наворочили, или просто создайте новую информационную базу и в нее вводите остатки.

Механически "обнулить" в смысле поставить 0 куда надо - не получится. База данных 1С устроена сложнее - там по всем регистрам и бух. счетам записаны ДВИЖЕНИЯ. И остатки на определенную дату - это итог этих движений, а не просто записанное число. Движения имеют измерения - т. е. там куча аналитики может быть (для бух. счетов эта аналитика называется субконто, в регистрах - измерения, реквизиты и чего-то еще) . Кроме того, во всех движениях записано еще - каким документом это движение сделано. Это я к тому говорю, что просто число 0 в какую-то клетку вписать не получится - все равно итог на определенную дату по какому-то счету или регистру по определенной аналитике будет определяться как итог всей последовательности движений по этому счету/регистру по данной аналитике от начала времен. И чтобы "обнулить" - тебе придется нарисовать сторно по всем счетам/регистрам по всей аналитике. Т. е. не просто по одному бух. счету, например, расчеты с поставщиками - а по каждому поставщику и по каждому договору с этим поставщиком, по которым остатки есть. Сторно - это когда движение точно такое же, но значение с обратным знаком. В данном случае сторно надо будет делать на сумму остатка (чтоб обнулить) . Сторно - это для бух. счетов (движения по бух. счетам называются проводками) . Для регистров, наверно, сторно может не получиться - надо будет делать такие же движения в обратную сторону. Но вообще это не метод. Если вы так обнуляете - грош цена вашему учету.

Проще сделать новую базу и перенести в нее остатки, зачем вам загруженная старым мусором база?