Помогите дать ответ налоговой инспекции.

Вот как раз не естественно что вы не оформляли водителей. Следовало ожидать что налоговая докапается. Решили сэкономить на налогах и взносах, а заплатите больше. Ёжка совершенно права. Вы ни как не сможете объяснить как это у вас грузоперевозки были, машины использовались, а как они ездили без водителей. Единственное что можно попробовать, это написать что не все машины использовались одновременно и что управлял ими по очередно ваш муж и вы естественно в силу родственных отношений не оформляли его как водителя, только желательно что бы муж у вас ни где при этом официально не работал, т. е. что бы у него было время ездить. Но шанс слабенький. Могут быть накладки по рейсам, одновременно он то же не мог быть в двух поездках одновременно, особено если грузоперевозки медугородние, дальние.

Подобные письма налоговая рассылает всем ИП, особенно тем, у кого несколько объектов. Если несколько транспортных средств, то никак не пояснить, что работники официально не оформлены. Сдали декларацию по ЕНВД что несколько авто - сами признались, что эти авто работали и работали не без водителей. Если бы водители были зарегистрированы как ИП, тогда нужно налоговой предоставить договоры с ними.
Мне кажется, положение серьезное.
Скорее всего, вас обяжут встать на учет как работодатель и платить за все периоды, что в декларации указано несколько авто, взносы и к сожалению, огромные штрафы.

Налоговый кодекс не поясняет, как быть в этом случае. По какому месту учета надо направить 2-НДФЛ. Поэтому такой вопрос задайте налоговой!
Если обособленное подразделение самостоятельно выплачивает доход работникам, а его руководитель уполномочен представлять организацию в налоговых органах, то сведения по форме 2-НДФЛ нужно подавать в инспекцию по месту учета данного подразделения. Если хотя бы одно из названных условий не выполняется, то сведения сдаются в инспекцию по месту «основной» регистрации компании.
Но это только рекомендация. Налоговый кодекс не обязывает налоговых агентов действовать именно таким образом. Формально организация может подавать сведения в любую из тех инспекций, в которых она состоит на учете. Однако безопаснее всего сдавать 2-НДФЛ в ту инспекцию, где организация изначально была зарегистрирована как налогоплательщик. Такой подход в случае спора с контролерами точно не вызовет непонимания у судей. Тем более он все же больше соответствует смыслу пункта 2 статьи 230 НК РФ, в котором говорится о месте «своего» учета, что лингвистически ближе к термину «место учета организации».