Непредоставление необходимых документов в налоговые органы, караются ст. 129 Налогового кодекса и 15.6 КоАП

Налоговая особо не церемонится- по плану у них такие штрафы- это бонус сотруднику ФНС за результативность.
На первый раз- 5000руб., второй раз за год - 20000руб.
Есть вариант-написать заявление с обоснованием просрочки предоставления док-ов, в таком случае- штраф по решению могут уменьшить на 50%(им не сумма важна, а сам факт наличия штрафа-для отчетности перед МинФином)

В данном случае имеет место быть два правонарушения с разными видами ответственности.
1. В соответствии со ст. 129.1 НК РФ правонарушение совершает юридическое лицо: не сообщает (либо сообщает в более поздние сроки, чем положено по закону) необходимые сведения налоговому органу. Важно, что имеются в виду не те сведения, которые налоговая запрашивает в рамках проверок у контрагентов (тогда и статья будет другая), а те, которые должны представляться независимо от наличия запроса. Например, непредставление сведений ЗАГСами, отделами ФМС, Росреестром.
Ответственность при этом налоговая.
2. В соответствии со ст. 15.6 КоАП правонарушение совершает должностное лицо (в интересующем Вас случае - государственного учреждения (организации) или органа местного самоуправления).
Ответственность здесь - административная.
3. Получается: по ст. 129.1 НК РФ привлекается к ответственности юридическое лицо - предприятие или учреждение. Решение об этом выносит руководитель налогового органа на основании акта, составленного налоговым инспектором. Само наказание - штраф в размере 5000 рублей.
По ст. 15.6 КоАП привлекается к ответственности должностное лицо - конкретный работник предприятия или учреждения, ответственный за выполнение такой обязанности (представлять налоговому органу нужные для контроля сведения). Решение об этом выносит суд на основании документов, предоставленных тем, кто нарушение выявил (в данном случае - налоговой инспекцией).
Размер штрафа варьируется. Какой он будет - решает судья. Принять во внимание он при этом может много факторов (какие сведения, когда, насколько нарушен срок, каковы могли быть или были последствия, было ли аналогичное нарушение раньше и т. п.)
4. По сути: штраф положен и там, и там.
Просто за налоговое нарушение к ответственности привлекут учреждение и сама налоговая, а за административное - суд и конкретного виновного работника этого учреждения.
Как правило, эти вещи "идут параллельно": налоговый инспектор оформляет акт о налоговом правонарушении на организацию и одновременно составляет протокол об административном правонарушении на должностное лицо этой организации. Этот протокол позже будет направлен в суд и уже суд вынесет решение о привлечении к ответственности по ст. 15.6 КоАП.

Оба штрафа, кстати, придут в бюджет в два уровня - половина в федеральный, половина - в местный. Оба штрафа контролирует налоговая служба и вполне их учитывает.