Как заплатить налог физическому лицу, сдавшему в аренду помещение организации?

Раз в год после прдачи 3-ндфл по поступившим платежам, зарегистрируйте ип и возьмите патент

У тебя голова по этому поводу болеть не должна. НДФЛ будет перечислять ЮЛ как налоговый агент.

Если вы сдаете помещение юр. лицу в аренду, то юр. лицо является налоговым агентом и это его обязанность удерживать с вашего дохода и перечислять в бюджет НДФЛ за вас, а также сдавать отчетность по форме НДФЛ-2.

Организация в данной ситуации является налоговым агентом. Организация обязана исчислить, удержать и перечислить НДФЛ в бюджет.
Т. е. при выплате физ. лицу арендных платежей она удерживает НДФЛ и перечисляет его в бюджет. И по итогам года подаёт сведения в налоговую по форме 2-НДФЛ.
Вам декларировать свои доходы не нужно. Платить тоже ничего не нужно.

Но, если организация выплачивает Вам арендную плату в полном размере (т. е. не удерживает НДФЛ), то тогда Вам нужно декларировать свои доходы. Сдаёте форму 3-НДФЛ по итогам года (не позднее 30 апреля). А платите не позднее 15 июля следующего года.
О невозможности удерживать НДФЛ организация обязана сообщать Вам и в налоговую. На практике: налоговую уведомляет, а физ. лицо нет.
Далее, по последним изменениям в НК, в случае не возможности удержания организацией НДФЛ в течение года - налоговая направляет физ. лицу уведомление об уплате налога (срок уплаты не позднее 1 декабря следующего года). Это вступило в силу с 2016 года.
Статья 228 НК РФ.