У нас Некоммерческое Партнерство на ТСНО. Как правильно заключить договор аренды помещения с физическим лицом?

ЕСН уже давно нет. Страховые выплаты по по договорам аренды не производятся. По НДФЛ позиции две. 1. Да, НДФЛ удерживать нужно.
Это позиция Минфина РФ, ФНС и УФНС по г. Москва. Минфин России в своем письме от 7 сентября 2012 г. N 03-04-06/8-272 разъяснил, что организация (арендатор) , производящая выплаты по договору аренды с физическим лицом (арендодателем) признается налоговым агентом, и с выплаченной арендной платы организация должна исчислять, удерживать и перечислять НДФЛ в бюджет. На арендодателя нужно будет подать справку 2-НДФЛ. Аналогичные письма Минфина России от 23.10.2012 N 03-04-08/8-362, ФНС России от 09.04.2012 N ЕД-4-3/5894@, ФНС России от 25.10.2011 N ЕД-4-3/17651.
2. Нет, НДФЛ удерживать не нужно.
В пользу данной позиции есть постановления судов и мнения экспертов (Постановление ФАС Поволжского округа от 09.11.2011 по делу N А12-15768/2010).
Позиция строится на том, что налоговыми агентами признаются только те организации, от которых физические лица получают доходы, не указанные в ст. ст. 214.1, 227 и 228 НК РФ. При этом положения пп. 1 п. 1 ст. 228 НК РФ устанавливают, что физлица самостоятельно исчисляют и уплачивают НДФЛ, в том числе и при получении вознаграждений по договорам аренды от компаний, не являющихся налоговыми агентами. Следовательно, организация при выплате физическому лицу такого вознаграждения налоговым агентом не признается и удерживать налог не должна.
Выбирайте либо по письму, либо по закону, но через суд.

1. Нужно ли некоммерческой организации уплачивать
ЕСН и НДФЛ с расходов физического лица, произведённых в рамках
заключенного с ним договора возмездного оказания услуг (выполнения
работ) ?

Когда НКО заключает договор возмездного оказания услуг с физическим
лицом и по условиям этого договора она обязуется компенсировать его
расходы, связанные с осуществлением деятельности в организации
(например, его расходы на транспорт до места проведения лекций, его
расходы по проживанию и т. д.) , то, в этом случае, НКО не обязана с
выделенных на это средств исчислять и уплачивать ЕСН (Постановление
Президиума ВАС РФ от 18.08.2005 N 1443/05). Также физические лица,
получающие доходы от выполнения работ (оказания услуг) по договорам
гражданско-правового характера вправе уменьшить налогооблагаемую базу по
НДФЛ на профессиональный налоговый вычет в сумме фактически
произведённых ими и документально подтверждённых расходов,
непосредственно связанных с выполнением этих работ (оказанием услуг)
(подп. 2 ст. 221 НК РФ).