Чем отличается пени от процентов по соответ платежу? Пени понятно - это просрочка платежа за каждый день,

Проценты, о которых Вы спрашиваете, полностью называется "процент за пользование бюджетными средствами". По своей природе он схож с процентами по кредиту: в отличие от пени, которая обеспечивает своевременность платежа (этакий способ обучения точность рублем: больше просрочишь - больше заплатишь), проценты компенсируют тот факт, что кто-то пользуется чужими деньгами - в данном случае государственными.

Проценты за пользование бюджетными средствами начисляются в том случае, если государство само (конечно, по заявлению плательщика) соглашается на изменение сроков уплаты налогов и сборов, т. е. либо сдвигает срок уплаты на более позднее время (это называется отсрочка), либо разделяет платеж на части - тоже с более поздними сроками уплаты (отсрочка).
Плательщик в таких вариантах платежа получает возможность заплатить налог позднее "на законных основаниях". Как бы берет эти деньги взаймы у государства, за что собственно и платит процент.
Пеня в таких случаях не начисляется.
Проценты за пользование бюджетными средствами рассчитываются пости так же, как и пеня:
Сумма долга х количество дней просрочки х ставка процента.
Однако, если ставка пени равна 1/300 ставки рефинансирования за каждый день (сейчас ключевой ставки), то ставка процента равна 1/2 ставки рефинансирования.

Например, долг 10000 рублей.
В первом случае Вы сами заплатили налог позже срока на 180 дней. За это придётся заплатить пеню:
10 000 х 180 х 10 % : 300 = 600 рублей.
Во втором случае Вам государство дает отсрочку на те же 180 дней. Пеня не считается, ничего принудительно не взыискивается — начисляется процент:
10 000 х 10 % : 365 х 180 : 2 = 246,58 рубля.

Пени - это штраф за неуплату вовремя. Рассчитывается примерно так же - как и проценты: Сумма долга * кол-во дней просрочки * размер пени