Оплатил налог в ПФ в начале года, а не в НИ. Пришли пени. Что делать?

В ПФР деньги не пришли по-любому т. к. нет таких КБК, они застряли в казначействе. А в ИФНС нужно перечислить все заново на правильные КБК .

Платежи, произведенные в 2017 году на реквизиты ПФ, казначейство отнесло на невыясненные. В ПФ они уже не поступили.

По таким платежам казначейство направляет в Управления ФНС запросы на выснение принадлежности, управления - рассылают запросы по инспекциям, а уже инспекции - уточняют. Дело не быстрое.
А учитывая, что платежей такого вида образовалось очень много, а реквизиты ПФ (например, ОКТМО, которое однозначно определяет город, поселок, район) от налоговских отличались, оно еще и затягивается.
Честно говоря, запросы на уточнение платежей от начала января еще идут и еще исполняются. И далеко не всегда - правильно.
С квитанцией в налоговую идти - не поможет совсем, пока платеж не пришёл в составе банковских документов, эта квитанция - чисто посмотреть. Ни отразить платеж, ни учесть его, ни пересчитать пени налоговики на её основании не имеют права.

Платите пока долг по правильным реквизитам в налоговую.
Обращайтесь в казначейство с запросом о том, поступал ли такой платеж и куда он направлен на выяснение. Дальше - по результатам ответа.
Рано или поздно деньги отыщутся. Если у Вас при этом образуется переплата - вернёте.

Что-то вы все сложили вместе и ПФ и УСН. Взносы по ПФ платите заново в налоговую плюс пени соответственно. В ПФ пишите письмо на возврат, прикладываете платежное поручение.

Надо сходить с квитанцией, подтверждающей оплату, в НИ.

Я бы сходила в НИ и написала письмо о розыске платежей и зачислении из по правильным реквизитам, причем это можно сделать сразу))) главное печать с собой и подтверждающие документы...