Как будут высчитываться алименты по ИЛ и по соглашению...

Соглашение супругов и есть исполнительный лист по сути. Исполнительный лист выдается на основании судебного решения, есть еще судебный приказ, для которого не требуется исполнительный лист, так как приказ и есть исполнительный лист по сути. Так что если у вас на руках есть исполнительный лист и соглашение, то это два разных документа и вашему юристу следует разобраться в их действительности и применении

если есть исполнительное производство, то по исполнительному... как там написано буква в букву ...более корректно вопрос составьте

"Семейный кодекс Российской Федерации" от 29.12.1995 N 223-ФЗ (ред. от 01.05.2017)
Статья 81. Размер алиментов, взыскиваемых на несовершеннолетних детей в судебном порядке
1. При отсутствии соглашения об уплате алиментов алименты на несовершеннолетних детей взыскиваются судом с их родителей ежемесячно в размере: на одного ребенка - одной четверти, на двух детей - одной трети, на трех и более детей - половины заработка и (или) иного дохода родителей.
2. Размер этих долей может быть уменьшен или увеличен судом с учетом материального или семейного положения сторон и иных заслуживающих внимания обстоятельств.
Статья 99. Заключение соглашения об уплате алиментов
Соглашение об уплате алиментов (размере, условиях и порядке выплаты алиментов) заключается между лицом, обязанным уплачивать алименты, и их получателем, а при недееспособности лица, обязанного уплачивать алименты, и (или) получателя алиментов - между законными представителями этих лиц. Не полностью дееспособные лица заключают соглашение об уплате алиментов с согласия их законных представителей.
Статья 103. Размер алиментов, уплачиваемых по соглашению об уплате алиментов
1. Размер алиментов, уплачиваемых по соглашению об уплате алиментов, определяется сторонами в этом соглашении.
2. Размер алиментов, устанавливаемый по соглашению об уплате алиментов на несовершеннолетних детей, не может быть ниже размера алиментов, которые они могли бы получить при взыскании алиментов в судебном порядке (статья 81 настоящего Кодекса).