Пени по УСН, правомерно начислены?

заявление писали? думаю - должны отменить. иначе - добивайтесь через суд

Да, абсолютно неправомерно. Но:
во-первых, налоговая служба у нас много что делает неправомерно. Как правило, в силу некомпетентности сотрудников. И, как правило, ей это сходит с рук;
во-вторых, вопрос, подобный вашему, налоговая служба автоматически не решает. Опять же в силу недостатка компетентности.
Я бы предложил для начала посетить родную ИФНС лично и попытаться решить вопрос полюбовно. Они в общем, когда осознают, что не правы, вполне охотно идут навстречу. Ну а если не пойдут - жалобу в региональное управление.
Аргумент, к примеру, - письмо ФНС России от 24.12.2013 N СА-4-7/23263 (п. 11):
"Неправильное указание кода ОКАТО не свидетельствует о неуплате налога.
Поскольку в платежных документах счет Федерального казначейства указан правильно и сумма налога, удержанная предприятием с доходов, выплаченных сотрудникам обособленных подразделений, находящихся на территории поименованных муниципальных образований, поступила в бюджетную систему РФ, исходя из смысла ст. 45 НК РФ налог считается уплаченным.
Данный вывод содержится в постановлении Президиума ВАС РФ от 23.07.2013 N 784/13 по делу N А06-9384/2011 (Государственное предприятие Астраханской области "Пассажирское автотранспортное предприятие N 3" против Межрайонной ИФНС России N 5 по Астраханской области)."

Нет абсолютно не правомерно.

Для нас, простых налогоплательщиков, бюджет один на всю страну, но для налоговиков бюджеты муниципальных образований - это разные бюджеты. Поэтому в одном бюджете переплата, а в другом недостача с пенями. Так что в рамках закона налоговики поступили правомерно. Вам нужно подать заявление, чтобы налоговики сами перечислили из одного бюджета в другой в связи с ошибкой в ОКТМО.