С какой примерно суммы у ООО пришли эти недоимки, примерно общая сумма?

неналоговые - это сами по себе.
например, документы или декларации вовремя не сдали и начислили штраф.
он существует сам - без налога.

а НДС и прибыль у вас указаны

По поводу пеней ответить вам не смогу, поскольку пени начисляют на сумму неуплаченного налога и при этом необходимо знать, на сколько дней вы просрочили платеж, а так можно только гадать, за сколько дней просрочки вам насчитали, потому что зависит от меняющейся ставки ЦБ. А если вы до сих пор не уплатили налог, то пени нарастают ежедневно.
По поводу суммы налогов и ваших комментариев о несданных отчетах можно предположить разное. Например, что ваша организация получила доход, а если вы конечная точка снятия денег, то отсутствуют расходы, и значит, вы отправителю средств передали накладную или акт, а также счет-фактуру, а отправитель в свою очередь подал в налоговую все документы и вам начислили налоги. Но поскольку сумма НДС и налога на прибыль разные, то это не связано с 1 или 2 сделками, потому что налоговики не будут за вас считать все ваши доходы и расходы, чтобы разные налоги выставить вам. Вероятно, что НДС возник по одной сделке, а налог на прибыль по другим сделкам, потому что разные сотрудники занимаются по одному налогу, а не всеми сразу.
Штрафы вам могли начислить за несданную отчетность.
Поскольку цифры за 2017 год, то вероятно вам направлялись требования и запросы о разъяснениях, а вы их не получали, что дает право налоговикам считать ваш адрес недостоверным, внести в ЕГРЮЛ об этом запись, и на основании данной записи и отсутствия отчетности принять решение об исключении организации из ЕГРЮЛ, то есть по сути признать её ликвидированной. А суммы налогов могут повесить на директора или учредителя, если по особой процедуре признают данные лица причастными к уклонению от уплаты налогов.