Бухгалтерия не считает прибыль

Если честно, вообще не поняла при чем тут поставщики и документы от них и расчет прибыли предприятия. То, что вы получаете от поставщиков является расходами предприятия, то что в основании должен быть указан счет, а не какой-либо другой документ нигде не регламентируется. Ну а про факсимильные подписи Вам тут уже ответили верно, повторять не буду

Счет на оплату не является обязательным документом.
А вот факсимильная подпись-налоговой службой и Минфином РФ считается что использование факсимиле нарушением норм при оформлении счета-фактуры. Вычет НДС в подобной ситуации не предоставляется. По ТОРГ-12 вопрос спорный. Органы считают недопустимо, а некоторые судебные решения в пользу истца. Если есть время, нервы, деньги можно посудиться, но маловероятно.
Счет на оплату нужен для того, чтобы уведомить бухгалтерию клиента о том, что у их поставщика имеются ожидания по перечислению денежных средств в оплату за указанные в счете товары, работы или услуги.

Основанием для оформления поставщиком счета на оплату является наличие первичных учетных документов, подтверждающих исполнение им своей части договора: счетов-фактур, актов выполненных работ, товарных и транспортных накладных.

Фактически счет на оплату является для документооборота фирмы внешним документом, имеющим большое значение в управленческом учете и сверке взаимных расчетов (в том числе ожидаемых) поставщика и покупателя.
Не знаю, что у Вас за программа, но как правило ссылка на договор может повлиять на работу базы.