Почему вообще налоговая не проверяет организацию на УСН (6%)услуги? , Или они такие компании вообще не проверяют?

Кто тебе сказал, что не проверяет?

Проверяют, просто реже, на третий год. Так как у таких компаний при открытии два года налоговых каникул. Но, если работник из такой организации куда-то пожалуется, то проверят и раньше двух лет

Проверяют же в первую очередь налоговую базу по налогу на прибыль, НДС, баланс. По НДС понятно проверять нечего. К балансу вопросы только если убытки.

А если организация на УСН, и в балансе подозрительных убытков нет, то что у нее проверять - остается обычно налоговую базу по УСН. А на УСН 6% налоговая база - это доходы (наличка через кассу и приходы на р/сч). И то, и другое налоговая совершенно спокойно проверяет не выходя из кабинета. Доходы, поступившие в банк проверяются в легкую, а кассы сейчас онлайн, т. е. все что организация получила в наличном виде и пробила чеки (если касса вообще применяется) тут же уходит через ОФД в налоговую.

Эта система налогообложения вообще самая легко проверяемая и выездные проверки практически не нужны. У организаций на других системах налогообложения налоговая не видит всей их деятельности, т. е. периодически надо приехать и посмотреть на основании каких документов они себе определили налог на прибыль, или УСН 15%, НДС и т. п. (может взяли и нарисовали). А тут видимо смысла особо нет трясти такие организации, тут налоговая, видя выписку банка и отчет по кассе сама может рассказать организации какая у них будет декларация и налог к уплате.