Вопрос бухгалтерам, если тут таковые есть

как, интересно, у вас программа пропустила отпуск товара, который еще не оприходован?

поставка и оплата

Прочтите "учет неотфактурованных поставок".

ОТказываются бухгалтерские документы предоставить. Логистика есть (транспортная накладная, акты приемки). Поставщики же не полные идиоты, чтобы передать товар вообще без документального подтверждения. Приходуйте по факту.
Неотфактурованные поставки - это материально-производственные запасы (МПЗ), поступившие в организацию от конкретного (известного) поставщика без товаросопроводительных документов, необходимых для определения фактической себестоимости (п. 36 Методических указаний по бухгалтерскому учету МПЗ).
При поступлении на склад неотфактурованных МПЗ составьте акт о приемке материальных ценностей по форме, утвержденной в вашей учетной политике, - самостоятельно разработанной либо унифицированной (например, по форме N N М-7, ТОРГ-4) (п. 37 Методических указаний по бухгалтерскому учету МПЗ).
В акте укажите фактически поступившее количество материальных ценностей и их цену согласно договору поставки или цену, по которой покупали такие же ценности у этого поставщика в прошлый раз.
На основании акта примите поступившие МПЗ к бухгалтерскому учету на счет 10 или на счет 41 в обычном порядке, принятом в организации в отношении данного вида МПЗ и закрепленном в учетной политике (п. 39 Методических указаний по бухгалтерскому учету МПЗ).
Задолженность перед поставщиком отразите по кредиту счета 60 "Расчеты с поставщиками и подрядчиками". Каждую неотфактурованную поставку в аналитическом учете на счете 60 отражайте обособленно (Инструкция по применению плана счетов).
НДС по неотфактурованной поставке отразите по дебету счета 19 "НДС по приобретенным ценностям" на дату принятия запасов к учету, если вам известно, что поставщик является плательщиком НДС (например, договорная стоимость МПЗ включает НДС или в предыдущих поставках НДС был выделен в товаросопроводительных документах), а вы имеете право на вычет.
Однако к вычету НДС примите только после получения от поставщика счета-фактуры или универсального передаточного документа (п. 1 ст. 169 НК РФ, Письмо ФНС России от 21.10.2013 N ММВ-20-3/96@).

если вопрос настолько критичен, что документы никак не переделать, можно попробовать воспользоваться разделом бухгалтерии "комплектация номенклатуры". Этот раздел предназначен для комплектации и разукомплектации товаров. Например, у вас есть на балансе набор из 6 бокалов. А продать вам нужно всего 2 бокала. Вы делаете разукомплектацию и вместо набора на балансе получаете 6 бокалов и упаковку. 2 продаете 4 остается на балансе. Или, например, у вас есть лыжи, лыжные палки, лыжные ботинки и крепления к ним по отдельности. Вы можете создать из них лыжный комплект операцией "комплектация номенклатуры".
Как применить это к вашему случаю. Если у вас есть на балансе похожий искомому товар (1), но не нужный в течение некоторого времени, вы можете создать искомый товар (2) комплектацией. И потом получив на баланс уже реальный товар (2) разукомплектацией вернуть на место исходный (1). Ну или в обратном порядке. Это зависит от соотношения учетных цен товаров 1 и 2.