Налог на нежилую недвижимость при продаже.

Вы написали, что приобрели клуб по документам. По каким документам? В свидетельстве о регистрации или выписке из ЕГРН это здание указано как нежилое? Ваш дом-клуб был переоформлен в жилой дом?
Вы пишите, что налоговики считают вашу недвижимость коммерческой. Вам предъявляли претензии о незаконном предпринимательстве?
С вас требуют НДФЛ из-за предпринимательской деятельности, но с вас не требуют НДС и не требуют сдачу налоговых деклараций?
Если ваш клуб не стал "жилым домом" по документам, то вам придется доказать, что вы покупали недвижимость для личного пользования и вы не осуществляли предпринимательскую деятельность, а вот тут уже с юристом эти тонкости будете обсуждать, чтобы дать ответ налоговикам и аргументировать в суде

по документам БТИ статус здания?

Налог, который требует заплатить налоговая - это подоходный или НДФЛ. Он платится не от коммерческой недвижимости, а от полученного дохода - вы от покупателя деньги получили? это ваш доход, с него надо 13% заплатить. Платит именно собственник. Но если при определенных условиях вы владели этим имуществом более 5 лет, то вы не должны платить налог с продажи. Если налог все таки надо будет платить, то вы можете уменьшить налог на 1 млн руб, а с разницы заплатить уже 13%. (или если у вас сохранились документы о покупке, то можно вычесть расходы и тогда с разницы посчитать налог). Но главное чтобы дом был жилым. На нежилое вычет меньше - всего 250 000. Конечно, вам стоит, уточнить статус помещения.