Подскажите как нужно правильно.

Рассчитайте ее в порядке, предусмотренном ст. 320 Налогового кодекса:
1) к остатку транспортных расходов на начало месяца прибавьте транспортные расходы, произведенные в отчетном месяце;
2) определите сумму товаров, реализованных в отчетном месяце, и остаток товаров на конец месяца;
3) разделите сумму транспортных расходов (п. 1) на сумму реализованных и оставшихся товаров (п. 2). Таким образом будет рассчитан средний процент транспортных расходов по отношению к общей стоимости товаров;
4) умножьте остаток товаров на конец отчетного месяца на средний процент транспортных расходов. В результате получится сумма расходов, относящаяся к остатку нереализованных товаров на конец месяца;
5) найдите разницу между всей суммой произведенных транспортных расходов и той их частью, которая относится к остатку нереализованных товаров (п. 4). Полученную разницу спишите с кредита счета 44 в дебет счета 90, субсчет 2 "Себестоимость продаж".
Такой порядок списания транспортных расходов сблизит бухгалтерский и налоговый учет

Все зависит от того, что написао в вашей учетной политике.... если вы спсываете транпортные расходы закладывая их в цену товара, то конечно они будут списываться пропорционально проданному колличеству, но можно и не заморачиваться, а принимать тр. расходы на 44 счет и списывать сразу как оказанную услугу....

Списывается только та часть расходов которая приходится на отгруженную продукцию, в пропорции и посчитайте.

Ст. 320 НК - там в конце по этапам расписан алгоритм, а лучше относите на стоимость товаров, закрепите это в вашей учетной политике.