Прошла проверка ФСС.Не приняли к зачету сумму. Что делать дальше?

Вы не указали не приняли к зачету сумму:
1. по разделу расчеты по единому социальному налогу или
2. по разделу то несчастных случаев на производстве и проф. заболеваний.

если по п. 1, то Вам необходимо в следующем отчетном периоде в Расчетной ведомости по средствам ФСС в Разделе 1 таблицы 2 строке 5 "Не принято к зачету расходов исполнительным органом Фонда" поставить сумму не принятых расходов и сдать в налоговую инспекцю уточненную декларации по ЕСН за те периоды, в которых не приняты в расходы.
если по п. 2, то Вам необходимо в следующем отчетном периоде в Расчетной ведомости по средствам ФСС в Разделе 3 таблицы 10 строке 4 " Не принято к зачету расходов исполнительным органом Фонда" поставить сумму не принятых расходов.

В зависимости от того, что за расход.
например, если это бл сверх установленных размеров, но предусмотрен такой размер в локальном акте (трудовым договором, коллективным договором, приказом по предприятию) - относите на расходы, но не возмещаете из ФСС.
В подавляющем большинстве же случаев это будут расходы, не уменьшающие налогоблагаемую базу по налогу на прибыль, если вы на ОСН. И возникает тогда объект для НДФЛ.

Или доказывать эту сумму, или переделывать отчет и пересдавать без нее плюс пени.

Напишу как было у меня. Принесла отчёт за год, перерасход около 1200 руб. , численность всего 13 человек. Мне сказали, что это большой перерасход и надо было до 30 декабря принести все бумажки на возмещение. Ну поскольку я этого не знала (никогда не приходилось сталкиваться с такой ситуацией) , то получился перерасход, Выход нашли такой - б/лист за ноябрь приняли, а за декабрь в сумме чуть больше 900 руб. перенесли на январь. Это значит, что я включаю расходы по этому б/листу в январе, в т. ч. в декларации по налогу на прибыль, по ЕСН, в 4-ФСС (естесственно! ) тоже этот б/лист пошёл в расходы за январь. Хочу сказать, что в данной ситуации очень помог специалист ФСС, и Вам, я думаю, должны были помочь решить эту проблему, объяснить, ведь в этом их работа заключается. Если сумму не приняли именно по причине перерасхода, т. е. сумма б/листа перекрыла сумму исчисленных взносов, то наверное придётся часть б/листов провести в следующем квартале. А если не приняли по другим причинам, т. е. не примут УЖЕ НИКОГДА, то видимо Вам надо поступить так, как пишет в своём ответе Елена Дроботюк.

Елена Дроботюк описала все верно, только декларации надо перездавать не в следующем квартале а чем раньте тем лучше, я имею в налоговую по ЕСН, иначе за каждый просроченный день будут начисляться пени.

Все зависит от того согласны вы с этим или нет, есть ли у вас правильно оформленные документы или нет . Если все в порядке- доказывайте, даже если через суд.