Счет фактура на авнс выписанна30.06.09 ,а авонс по банку перечисленн01.07.09 НДСможно принять к зачету во 2кв или 3 кв

во-первых, как вы выписали с/ф на аванс, если аванс еще не получен?
во-вторых, к зачету НДС принимается когда происходит отгрузка, а не когда вы получаете аванс.
или я вопроса не поняла

А вот продавцу тоже не очень хорошо будет при выездной проверке, а особенно при встречной. Все девки получат по серьге.

в третьем квартале.
если аванс выданный 1 июля, то покупатель выставляет счет-фактуру продавцу в интервале с 1 по 5 июля.
если аванс полученный 1 июля, то счет-фактура на аванс полученный также выставляется в этом же интервале дат.
и в любом случае зачет или уплата налога идет в третьем квартале.

Счет-фактура на аванс выставляется датой поступления денег на расчетный счет.

Да уж. п. 3. ст. 168
3. При реализации товаров (работ, услуг) , передаче имущественных прав, а также при получении сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг) , передачи имущественных прав выставляются соответствующие счета-фактуры не позднее пяти календарных дней, считая со дня отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг) , со дня передачи имущественных прав или со дня получения сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг) , передачи имущественных прав.

Переделывайте, т. к. с/ф выставлен с нарушением срока. Эта ситуация рисковая - оно вам надо?