Подскажите пожалуйста как считается средняя з/п за год (больничные листы входят или нет и как с подоходным налогом)?

Если для справки о доходах, то входят и больничные и подоходный

Это считается так же как отпускные, по среднему, т. е. вы включаете все начисления и больничные в том числе, а подоходный обычно не берется и не указывается, потому что это просто расчет среднегодового заработка.

Сейчас введены новые правила расчета среднего заработка для отпускных. Советую прочитать на любом сайте бухгалтеров. А вообще для расчета включаются всё: и надбавки, и б/л, и п/н, и дополн. выплаты.

Статья 139. Исчисление средней заработной платы

Для всех случаев определения размера средней заработной платы (среднего заработка) , предусмотренных настоящим Кодексом, устанавливается единый порядок ее исчисления.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
Для расчета средней заработной платы учитываются все предусмотренные системой оплаты труда виды выплат, применяемые у соответствующего работодателя независимо от источников этих выплат.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
При любом режиме работы расчет средней заработной платы работника производится исходя из фактически начисленной ему заработной платы и фактически отработанного им времени за 12 календарных месяцев, предшествующих периоду, в течение которого за работником сохраняется средняя заработная плата. При этом календарным месяцем считается период с 1-го по 30-е (31-е) число соответствующего месяца включительно (в феврале - по 28-е (29-е) число включительно) .
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
Средний дневной заработок для оплаты отпусков и выплаты компенсации за неиспользованные отпуска исчисляется за последние 12 календарных месяцев путем деления суммы начисленной заработной платы на 12 и на 29,4 (среднемесячное число календарных дней) .
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
Средний дневной заработок для оплаты отпусков, предоставляемых в рабочих днях, в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, а также для выплаты компенсации за неиспользованные отпуска определяется путем деления суммы начисленной заработной платы на количество рабочих дней по календарю шестидневной рабочей недели.
В коллективном договоре, локальном нормативном акте могут быть предусмотрены и иные периоды для расчета средней заработной платы, если это не ухудшает положение работников.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
Особенности порядка исчисления средней заработной платы, установленного настоящей статьей, определяются Правительством Российской Федерации с учетом мнения Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений.

Если по простому, то берется вся начисленная заработная плата за год (без больничных) и делится на количество отработанных дней (фактически) (без больничных и за свой счет) в календарных днях и умножается на количество дней отпуска в календарных днях. Ну это грубо. В деталях в "Положении об особенностях порядка исчисления средней заработной платы" № 922 от 24.12.2007.