
Вы правы, перевод с церковнославянского на современный русский, приведённый в Вашем вопросе, неточный, ошибочный.
Иже еси – из первого стиха (то есть строки), пожалуй, самой известной молитвы православных христиан «Отче наш»:
◆ Отче наш, Иже еси на небесех!
Первый стих представляет собой (с точки зрения теории языка) развёрнутое (распространённое) обращение к Богу, где Отче – звательный падеж существительного ОТЕЦ – когда-то такой существовал в древнерусском языке, русским языком он был утрачен, а в украинском сохранился до сих пор: кличний – так он там называется.
Итак, Отче – обращение к Богу, одно из слов, которое его называет, в звательном падеже. По стародавней традиции все слова, называющие Бога: Бог, Отец, Всевышний, Господь – пишутся с заглавной буквы.
С заглавной буквы пишутся и местоимения, употреблённые вместо этих существительных. Обратим внимание на то, что слово Иже написано именно с заглавной буквы. Почему? Да потому, что это устаревшее слово как раз и является одним из местоимений. В современном русском языке вместо ИЖЕ мы употребляем местоимение КОТОРЫЙ. А те, кто посчитал, что Иже – это союз ЕСЛИ, видимо, перепутали два устаревших слова: ИЖЕ (который) и ЕЖЕЛИ (если).
Ну а дальше всё понятно: ЕСИ – форма 2-го лица единственного настоящего времени глагола БЫТЬ. В современном русском языке этот глагол в настоящем времени не употребляется, сохранилась лишь форма 3-го лица – ЕСТЬ (употребляется в предложениях типа Математика есть наука).
На небесех – на небесах.
Таким образом, первый стих молитвы «Отче наш» на современном русском языке звучит так:
◆ Отец наш, Который есть на небесах!
Как видите, никаких сомнений существовании Бога.
.

По изложенному лингвистические интерпретации И. Р. Махраковой не устраивают. Вера в Бога и сомнения в нем это нормальное, что и отражает молитва. Такое сочетание идей большой вопрос для дополнительных пояснений. Здесь место для этого недостаточное.