Правомерна ли просьба алюминиевого завода? и почему?

Конечно правомерна. Этот завод и так экологи обдирают, как липку. А тут еще лесники со своими ёлками. Нахера ему платить дважды за одно и то же.

Если платили за сверхлимитное загрязнение, значит была авария. Что было сделано руководством завода кроме выплат для устранения последствий?

Если Вы спалили хату соседу, то вряд ли при рассмотрении дела в суде учтут то обстоятельство, что он когда-то насрал Вам под дверь.

Неправомерно, поскольку это совершенно разные платежи и суд не вправе решать судьбу ранее выплаченных денежных средств. Это все равно что при штрафе за скорость учитывался бы транспортный налог

В соответствии с п. 2 Правил исчисления и взимания платы за негативное воздействие на окружающую среду, утверждённых постановлением Правительства Российской Федерации от 03.03.2017 № 255 (далее – Правила № 255), плата исчисляется и взимается за следующие виды негативного воздействия на окружающую среду: а) выбросы загрязняющих веществ в атмосферный воздух стационарными источниками (далее - выбросы загрязняющих веществ); б) сбросы загрязняющих веществ в водные объекты (далее - сбросы загрязняющих веществ); в) хранение, захоронение отходов производства и потребления (далее - размещение отходов). Платежной базой является объем или масса выбросов загрязняющих веществ, сбросов загрязняющих веществ либо объем или масса размещенных в отчетном периоде отходов. Платежная база определяется лицами, обязанными вносить плату, самостоятельно на основе данных производственного экологического контроля: а) для каждого стационарного источника, фактически использовавшегося в отчетный период, в отношении каждого загрязняющего вещества, включенного в перечень загрязняющих веществ; б) в отношении каждого класса опасности отходов (п. 9 Правил № 255). Таким образом, и на основании вышеуказанного правила находятся такие платежи с возмещением вреда, реально причиненного загрязнением окружающей среды.
Ст. 28 Федерального закона от 04.05.1999 N 96-ФЗ "Об охране атмосферного воздуха" указывает, что за выбросы загрязняющих веществ в атмосферный воздух стационарными источниками с юридических лиц и индивидуальных предпринимателей взимается плата в соответствии с законодательством Российской Федерации. Кроме того, п. 1 ст. 16 Федерального закона от 10.01.2002 N 7-ФЗ "Об охране окружающей среды" устанавливает виды, за которые взымается плата, одним из таких видов являются выбросы загрязняющих веществ в атмосферный воздух стационарными источниками.
Согласно п. 1, п. 2 ст. 77 Федерального закона от 10.01.2002 № 7-ФЗ "Об охране окружающей среды", ст. 32 Федерального закона от 04.05.1999 № 96-ФЗ "Об охране атмосферного воздуха", юридические и физические лица, причинившие вред окружающей среде в результате ее загрязнения, истощения, порчи, уничтожения, нерационального использования природных ресурсов, деградации и разрушения естественных экологических систем, природных комплексов и природных ландшафтов и иного нарушения законодательства в области охраны окружающей среды, обязаны возместить его в полном объеме в соответствии с законодательством. Вред окружающей среде, причиненный юридическим лицом или индивидуальным предпринимателем, возмещается в соответствии с утвержденными в установленном порядке таксами и методиками исчисления размера вреда окружающей среде, а при их отсутствии исходя из фактических затрат на восстановление нарушенного состояния окружающей среды, с учетом понесенных убытков, в том числе упущенной выгоды.
Согласно пункту 5 определения Конституционного Суда Российской Федерации от 10.12.2002 № 284-О платежи за негативное воздействие на окружающую среду взимаются с хозяйствующего субъекта во исполнение им финансово-правовых обязательств (обязанностей), возникающих из осуществления такой деятельности, которая оказывает негативное (вредное) воздействие на окружающую среду и представляет собой форму возмещения экономического ущерба от такого воздействия, производимого в пределах установленных нормативов, под контролем государства. Данные платежи являются обязательными публично-правовыми платежами, носят индивидуально-возмездный и компенсационный характер.