как объяснить сыну 6 лет, что у него есть ещё один (биолог) папа?

надо ему сказать, между делом, что раньше у вас была другая фамилия, вот и всё пока, будет знать, что записали на мамину фамилию.. . и хватит с него по его возрасту, это просто запись, вот такой документ, да и всё...
Скажете, что потом можно и поменять фамилию, спокойно только, как о пустяке.. .

потом скажете, если понадобится, что раньше, давным-давно, у вас был другой муж, который хотел стать папой и мужем, да не сумел.. .

а про отцовство скажете позже, если понадобится...

надо было сразу давно говорить что есть родной отец, он же не исчез бесследно - платит алименты. а сейчас еще рано говорить - думаю лет в 9 можно

6лет и ---биологический папа----понятия ещё не совместимые

зачем говорить?
проблемы надо решать по мере их поступления
никто же еще не сказал

когда спросит тогда и скажите, удивительно что он раньше не спросил, моя дочь еще в садике спросила почему у нас разные фамилии, я сказала что она носит фамилию своего отца а я своего.

Та рано ещё говорить ему б этом. А если спросит, то и расскажете.

мой как-то сам узнал в 6 лет...

Спросит ответите . Хотя лучше бы он от вас истиные причины узнал чем от других . Вы всё таки можете мягко и более коректно объяснить своему сыну что и как чем это сделают другие.

мне мама сразу сказала что у меня был папа (биологический) ну слёзы а глазах а потом всё прошло