Можно ли запретить директору ООО операции со счетом?

Именно запретить? Это будет незаконно, т. к. согласно п. 3 ст. 40 ФЗ "Об ООО", единоличный исполнительный орган общества (директор) БЕЗ доверенности действует от имени общества, в том числе представляет его интересы и СОВЕРШАЕТ; выдает доверенности на право представительства от имени общества и т. д. Т. е. именно директор (или иное лицо, но по приказу и/или доверенности от директора) ДОЛЖЕН ПОДПИСЫВАТЬ документы на совершение операций с банковским счетом, а также другие финансовые, хозяйственные и распорядительные документы от имени ООО. И даже внесение этого запрета в Устав будет незаконным в силу противоречия указанной норме Закона.
Законным будет внесение (в Устав, или во внутренний документ, типа Положение о единоличном исполнительном органе, или в трудовой Договор с директором) любых ограничений на заключение тех или иных сделок и подписание определенных документов БЕЗ предварительного одобрения их общим собранием участников (единственного участника) ООО, но подписывать эти документы, в конечном счете должен директор.
Правда, не понятно зачем учредителю назначать (оставлять в этой должности) ТАКОГО директора, к которому НЕТ доверия. Проще прекратить полномочия ЭТОГО директора и назначить другого человека. Или возложить обязанности директора на СЕБЯ. Это тоже будет абсолютно законно.
Удачи.

Если собственник является Учредителем и в карточке образцов подписей в банке, где открыт счет он есть, то Учредитель в праве отменить свой приказ о составлении Доверенности на Директора, тем самым лишая его права распоряжаться счетом.

можно, для этого надо изменитьь устав ООО обшим собранием акционеров.