Если в договоре подряда не указан размер неустойки в случае просрочки договора, в каком размере она будет взиматься?

по ставке рефинансирования ЦБ.
А это 11% годовых - Указание ЦБ РФ от 11.07.08г. № 2037-У
То есть 0, 030% за каждый день просрочки

К сожалению Вы не совсем точно сформулировали вопрос. Поэтому неясно о чем идет речь о нарушении сроков работ, или нарушении сроков оплаты, поэтому овтет будет общий:
Вот что можно Вам сказать, опираясь на ГК РФ
Статья 331. Форма соглашения о неустойке
Соглашение о неустойке должно быть совершено в письменной форме независимо от формы основного обязательства.
Несоблюдение письменной формы влечет недействительность соглашения о неустойке.
Иыми словами - нет соглашения - нет неустойки.
Этим же Кодексом установлено, что:
Статья 708. Сроки выполнения работы
1. В договоре подряда указываются начальный и конечный сроки выполнения работы. По согласованию между сторонами в договоре могут быть предусмотрены также сроки завершения отдельных этапов работы (промежуточные сроки) .
Если иное не установлено законом, иными правовыми актами или не предусмотрено договором, подрядчик несет ответственность за нарушение как начального и конечного, так и промежуточных сроков выполнения работы.
2. Указанные в договоре подряда начальный, конечный и промежуточные сроки выполнения работы могут быть изменены в случаях и в порядке, предусмотренных договором.
3. Указанные в пункте 2 статьи 405 настоящего Кодекса последствия просрочки исполнения наступают при нарушении конечного срока выполнения работы, а также иных установленных договором подряда сроков.
Как видно ГК РФ не предусмотрено взыскание неустойки в том случае, если нарушены сроки выполнения работ.
Но:
Статья 712. Право подрядчика на удержание
При неисполнении заказчиком обязанности уплатить установленную цену либо иную сумму, причитающуюся подрядчику в связи с выполнением договора подряда, подрядчик имеет право на удержание в соответствии со статьями 359 и 360 настоящего Кодекса результата работ, а также принадлежащих заказчику оборудования, переданной для переработки (обработки) вещи, остатка неиспользованного материала и другого оказавшегося у него имущества заказчика до уплаты заказчиком соответствующих сумм.
А кроме того,
Статья 395. Ответственность за неисполнение денежного обязательства
1. За пользование чужими денежными средствами вследствие их неправомерного удержания, уклонения от их возврата, иной просрочки в их уплате либо неосновательного получения или сбережения за счет другого лица подлежат уплате проценты на сумму этих средств.
Размер процентов определяется существующей в месте жительства кредитора, а если кредитором является юридическое лицо, в месте его нахождения учетной ставкой банковского процента на день исполнения денежного обязательства или его соответствующей части. При взыскании долга в судебном порядке суд может удовлетворить требование кредитора, исходя из учетной ставки банковского процента на день предъявления иска или на день вынесения решения. Эти правила применяются, если иной размер процентов не установлен законом или договором.
2. Если убытки, причиненные кредитору неправомерным пользованием его денежными средствами, превышают сумму процентов, причитающуюся ему на основании пункта 1 настоящей статьи, он вправе требовать от должника возмещения убытков в части, превышающей эту сумму.
3. Проценты за пользование чужими средствами взимаются по день уплаты суммы этих средств кредитору, если законом, иными правовыми актами или договором не установлен для начисления процентов более короткий срок.

Удачи

Просрочки исполнения или по просрочке при расчетах?
Так вот при расчетах можно использовать начисление процентов по ст. 395 ГК РФ, а вот при неисполнении работ Подрядчиком нет никаких законных неустоек, кроме обязанности возместить убытки, исправить вещь, устранить недоделки и т. п.

Вообще, надо весь договор смотреть.

по ставке рефинансирования ЦБ.

Ст. 395 ГК РФ проценты за пользование чужими денежными средствами. Взыскивается через суд.
Стоп. Не поняла! Просрочки исполнения договора подряда - нвыполнение договора в срок, либо просрочки оплаты за выполнение работы. Именно в последнем случае 395 ГК РФ. Если просрочка исполнения работ, то есть нарушение сроков исполнения, ст. 405 ГК РФ (отсылочная норма).