кто обязан платить налоги за арендованную квартиру? Арнедодатель - физ. лицо или арендатор - юр. лицо?

Ваш бух прав. Официальная позиция такова:
Организация является налоговым агентом в отношении выплат физическому лицу по договору аренды
Письмо Минфина России от 16.08.2010 N 03-04-05/3-462
Письмо Минфина России от 07.10.2009 N 03-04-06-01/257
Письмо ФНС России от 30.04.2009 N 3-5-03/455@
Письмо ФНС России от 02.10.2008 N 3-5-04/564@ и т. д.

а то, что вы это не прописали в дог. аренды в данном случае неважно. Эх, если бы можно было делать всегда так как написано в договоре мимо налогового Кодекса.... (мечтаю)

По общему правилу, естественно, арендодатель! Однако, данный вопрос, может быть определён договором аренды !

В последнее время у контролирующих органов сложилось следующее мнение по данному вопросу: оплата арендатором части коммунальных услуг, стоимость которых не зависит от их фактического потребления, является доходом арендодателя - физического лица, полученным им в натуральной форме. Следовательно, эта часть включается в налоговую базу по налогу на доходы физических лиц.
Что же касается оплаты арендатором той части коммунальных услуг, стоимость которых зависит от их фактического потребления, то это не может рассматриваться как получение физическим лицом экономической выгоды, поскольку понесенные арендатором затраты осуществлены им исключительно в своих интересах. Поэтому эти суммы исключаются из арендной платы при удержании НДФЛ (см. письма Минфина России от 11.07.2008 N 03-04-06-01/194, от 05.12.2008 N 03-11-04/2/191).
Такая позиция является вполне обоснованной. Фиксированную часть коммунальных платежей владелец помещения платил бы в любом случае, даже если бы не сдавал помещение в аренду. По общему правилу ст. 210 ГК РФ собственник несет бремя содержания принадлежащего ему имущества. Таким образом, получая от арендатора оплату этой части коммунальных платежей, арендодатель получает экономическую выгоду, т. е. доход, который подлежит обложению НДФЛ. Оснований для исключения этой части из налогооблагаемого дохода физического лица нет.
Письмо ФНС России от 02.10.2008 N 3-5-04/564@, о котором упоминается в вопросе, также разрешает исключать сумму коммунальных услуг из арендной платы для целей удержания НДФЛ. Разделения этих расходов на фиксированные и нефиксированные в нем прямо не проведено, однако оно, как нам представляется, подразумевается. В любом случае такое разделение логично, и исключение из налоговой базы по НДФЛ нефиксированной части коммунальных расходов возражений у налоговиков вызвать не должно.

При чем тут арендатор? Он спокойно заплатил свою сумму и сидит счастливый. Хоть юридическое, хоть физическое это лицо. А вот тот, кто получает прибыль, т. к. арендодатель, тот и платит налог.

арендодатель. С арендатора только арендная плата.