правильно ли поступил регистрирующий орган ?

Нет, Ваше региональное Управление Росреестра в корне не право.
Согласно п. 1 ст. 567 ГК РФ "К договору мены применяются соответственно правила о купле-продаже (глава 30), если это не противоречит правилам настоящей главы и существу МЕНЫ.... "
А п. 1 ст. 568 ГК установлено, что "Если из договора мены не вытекает иное, товары, подлежащие обмену, предполагаются РАВНОЦЕННЫМИ, .."
Раз у Вас в Договоре мены цены обмениваемые на квартиры НЕ указаны, значит, в нем нет и указаний на РАЗНЫЕ цены квартир. И значит, квартиры в силу закона считаются РАВНОЦЕННЫМИ. А исходя из существа МЕНЫ цена квартир не может считаться существенным условием договора мены (в отличие от договора купли-продажи) , что и предусмотрено в п. 1 ст. 567.
Так что смело оспаривайте в суде отказ регистрнирующего органа.
Но если Росреестр Вам еще НЕ отказал Вам, а только ПРИОСТАНОВИЛ регистрацию, то может быть им будет достаточно отразить в Договоре мены признания сторонами Договора равноценности квартир? Может стоит записаться на прием к руководству Управления Россреестра и выяснить их отношение к такому варианту?
Если это не поможет (или по каким-то причинам не подходит) - тогда ТОЛЬКО в суд... .
Удачи.

укажите в договорах кадастровую цену меняемых квартир, то есть ту, которая указана в технических паспортах и все.

я считаю, что в договоре мены не обязательно указывать цены квартир, если цена не указывается, то предполагается, что по цене обе квартиры равны. лично я видела кучу договоров, в которых цена не стояла, она предполагается равной. существенным условием договора мены цена не является. несмотря на то, что те, кто обменевается квартирами считаются продавцами и покупателями, условие о цене противоречит сущетству мены, посколку здесь за квартиру вы, считай, расплачиваетесь квартирой. надо взять письменный отказ и обжаловать в суде его по быстрому, все это не сложно.

правы. Статья 568.ГК Цены и расходы по договору мены
1. Если из договора мены не вытекает иное, товары, подлежащие обмену, предполагаются равноценными, а расходы на их передачу и принятие осуществляются в каждом случае той стороной, которая несет соответствующие обязанности.
2. В случае, когда в соответствии с договором мены обмениваемые товары признаются неравноценными, сторона, обязанная передать товар, цена которого ниже цены товара, предоставляемого в обмен, должна оплатить разницу в ценах непосредственно до или после исполнения ее обязанности передать товар, если иной порядок оплаты не предусмотрен договором.
Исходя из этого, из договора следует, что стоимость обмениваемых квартир равна, но сама цена - не указана. Отказ правомерен.